Церковь построена в 1894—97 как главный храм Клинического городка Московского университета на Девичьем поле (архитектор А. Ф. Мейснер и А. А. Никифоров) на средства профессора, директора акушерской клиники А. М. Макеева в память о его брате Михаиле.

Главный престол — архангела Михаила, приделы — великомученицы Екатерины (южный), святого благоверного князя Александра Невского (северный).

В 1922 властями изъято из храма свыше 1 пуда золотых и серебряных церковных украшений и утвари.

В 1931 закрыт. Внутреннее убранство утрачено. Сломаны пять шатров и куполов, венчавших храм и шатер над колокольней. Использовался под служебные помещения Медицинского института им. И. М. Сеченова. В 1961 капитально перестроена и обезличена. В 1976 частично разрушена. В 1977 начата перестройка под пищеблок института, уничтожены западная стена и приделы. Затем полуразрушенное здание было заброшено.

В феврале 1992 возобновлено богослужение в приделе великомученицы Екатерины, в 1997 освящен главный престол.

Осуществляется пастырское посещение больных и персонала клиник. При храме - воскресная школа для взрослых, библиотека.