Построена в 1696—97 на средства прихожан, по инициативе дьяка И. Рогозина у подножия Лыщиковой (голой, лысой) горы, на высоком, левом берегу реки Яузы. Здесь был старинный Покровский Лыщиков монастырь (упоминающийся в летописи 1392, когда в нем постригся брат преподобного Сергия Радонежского, Стефан). Его главный храм в 1625 упоминается уже как приходской, деревянный. Главный престол — Покрова Пресвятой Богородицы, приделы — преподобного Иоанна Дамаскина (1697, название во имя небесного покровителя И. Рогозина), Казанской иконы Божией Матери (левый, 1773, на средства И. А. Лихарева). В 1803—05 возведена колокольня, трапезная продлена к зап. Пострадал во время пожара в 1812, был временно приписан к храму святителя Николая Чудотворца, что на Ямах. В 1814 вновь освящен главный престол, в 1815 и 1818 — приделы.

В 1830 древняя, выступающая в переулок четырехугольная часть храма с алтарным выступом, окружена пристройками, приобрела полукруглую форму. В 1880 из теремков и кокошников coopужена главка. Иконостасы - 1879. Дом причта -1891.

Не закрывался. Сохранил внутреннее убранство и 6 старинных колоколов. Самый большой — Благовест (1794) весом 112 пу дов 7 фунтов. Зимой 1979 при ремонте в главном алтаре освящен приставной придел преподобного Симеона Столпника (его иконы находятся на правом клиросе и с.-в. стене главного престола). Завершена реставрация, раскрыты фрески 18 в. в трапезной и иконы XVII в. в иконостасе. В сев. приделе, над царскими вратами, композиция «Моление о Чаше». По благословению Святейшего Патриарха Алексия II в храме находится рака с мощами священноисповедника Романа (протоиерей Роман Медведь), почившего в 1937. (причислен к лику святых Исповедников Российских на Архиерейском соборе 2000). Святыни — особо чтимые иконы Покрова Пресвятой Богородицы, Казанская и Тихвинская иконы Божией Матери, иконы Спаса Нерукотворного Образа, святителя Николая Чудотворца, архистратига Михаила, великомученика Пантелеймона, преподобных Иоанна Дамаскина и Пафнутия Боровского.

При храме — детская воскресная школа. Приписан строящийся храм преподобного Андрея Рублева в Раменках и восстанавливаемый приходом разрушенный храм святителя Николая Чудотворца (1754) в селе Федоровское, Ступинского района Московской области (Патриаршее подворье).