Древнейший женский монастырь в Москве. Основан святителем Алексием, митрополитом Московским в третьей четверти XIV в. (по другим источникам в 1360). Первыми насельницами монастыря были сестры святителя преподобные Иулиания (игумения) и Евпраксия. На средства святителя Алексия был построен первый деревянный храм монастыря в честь Зачатия праведной Анной Пресвятой Богородицы. В начале XVI века на его месте Великий князь Василий III велел построить каменный храм в честь Преображения Господня с приделом преподобного Алексия, человека Божия. В 1547 перестроен. После пожара 1547 монастырь переведен из Остожья в Чертолье, где и просуществовал под именем Алексеевского до 1837, когда на его месте началось строительство Храма Христа Спасителя и монастырь перевели в Красное село.

На первоначальном месте оставался небольшой Зачатьевский монастырь, но вскоре он пришел в запустение. Возобновлен в 1584 царем Федором Ивановичем и царицей Ириной Федоровной, которые построили в монастыре новый Зачатьевский храм с приделами великомученика Феодора Стратилата и мученицы Ирины и трапезный храм Рождества Пресвятой Богородицы.

В 1612 монастырь разорён польскими войсками. В 1623 восстановлен. В 1804—07 на месте разобранного храма XVI века по проекту архитектора М. Ф. Казакова был построен величественный собор в честь Рождества Пресвятой Богородицы с приделами Зачатия праведной Анной Пресвятой Богородицы, великомученика Феодора Стратилата, святителя Алексия, митрополита Московского (1799) и Казанской иконы Божией Матери (1887). Объем нового собора полностью включил в себя (в Казанский придел в 1887) храм в честь иконы Божией Матери «Неопалимая Купина» (1766), стоявший над местом погребения сестёр святителя Алексия, митрополита Московского. В 1812 монастырь был разорен наполеоновскими войсками (насельницы монастыря трое суток находились под охраной неприятельского чиновника барона Таулета), но быстро восстановлен. В 1844—50 построено здание богадельни с храмом в честь Сошествия Святого Духа (1846 — 58; архитектор М. Д. Быковский). Интенсивное строительство велось на рубеже XIX—XX веков.

В ноябре 1917 монастырь оказался в зоне ожесточенных боев (красноармейцы штурмовали штаб Московского военного округа во Всеволжском переулке). 16.III.1925, за 9 дней до кончины, в монастыре служил свою последнюю Литургию святитель Тихон, Патриарх Всероссийский.

Закрыт монастырь в 1927. Собор продолжал действовать некоторое время, в 1930-х разрушен. На его месте построено здание средней школы. После закрытия монастыря почитаемая икона Божией Матери «Милостивая» и некоторые другие святыни находились в храме Илии Пророка в Обыденском переулке. В настоящее время образ Божией Матери возвращен в монастырь.

Возрождён 5 мая 1995.

Сохранилась часть ограды, келейные корпуса (XIX—XX веков). При монастыре действуют богадельня, издательство, пошивочная и иконописная мастерские, пекарня.

Храмы:

Надвратный в честь Нерукотворного Образа Спасителя (1696, над северными святыми воротами монастыря) построен на средства стольника Петра I А.Л.Римского-Корсакова в стиле московского барокко — единственный из сохранившихся храмов древней обители. Числился приходским (в нём венчали и крестили, чего в других храмах монастыря не допускалось). Небольшой, одноглавый, четырехугольный с восьмигранным завершением, храм окружен с юга и запада открытой галереей-гульбищем. Вход на гульбище — с внешней стороны ограды, т. к. до 1774 храм являлся домовым Римских-Корсаковых.
Богослужения возобновлены в 1993.

Под надвратным храмом — часовня святителя Алексия, митрополита Московского. Храм Зачатия праведной Анной Пресвятой Богородицы устроен после возрождения монастыря в одном из помещений трапезной.

Святыни: иконы Божией Матери «Милостивая», великомучеников Георгия Победоносца и Пантелеймона с частицей мощей, мощевик с частицей святых мощей Новомучеников и Исповедников Российских.

Особо почитается место погребения святых Иулиании и Евпраксии.

С 2001 восстанавливается храм Сошествия Святого Духа.