В 1680 году во Фряново была построена деревянная шатровая церковь Воскресения Господня с двумя пределами: Казанской иконы Божией Матери и Андрея Критского. Церковь Иоанна Предтечи построена в 1797 году владельцами села Лазаревыми. Строителем храма является Иван Лазарев. Род Лазаревых известен своей благотворительностью, всего ими построено двадцать церквей по всей России.

С 1902 по 1937 годы в церкви Иоанна Предтечи служил псаломщиком, диаконом и священником священномученик Михаил Никологорский. Отец Михаил был арестован 5 декабря 1937 года, 7 декабря приговорён к десяти годам заключения в исправительно-трудовом лагере и отправлен на общие работы на Беломорско-Балтийский канал. Священник Михаил Никологорский скончался в заключении 2 марта 1938 года и был погребен в безвестной могиле.

Память священномученика Михаила совершается в день его смерти - 17 февраля (2 марта), а также в день празднования Собора новомучеников и исповедников Российских.

В советское время в 1940 году храм был закрыт.

Восстановление храма началось в январе 1990 года, тогда же были возобновлены богослужения.