Впервые кладбищенская церковь Трёх Святителей упоминается в писцовых книгах в 1674 г.:" церковь древяна, клецки, о трех главах, святых Трех Святителей Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоустого".

Ныне существующая каменная церковь построена на месте деревянной в 1827 г. на средства крестьян Набатова и Каширина. Позднее (не ранее середины XIX в.) к храму пристроены колокольня, трапезная с приделами: Никольским и Казанской иконы Божией Матери. Приделы освящены в 1879 г. Никольский придел устроен благодарными крестьянами в память белоомутского помещика Николая Огарёва, освободившего крестьян с землёй за ничтожный выкуп задолго до от мены крепостного права.

О строителе церкви Трёх Святителей в селе Белоомуте крестьянине Набатове Н.П.Огарёв писал: "Этому человеку 80 лет. Он живёт, как и прежде, с своими внучками и любуется на них. Читает церковные книги, наделяет нищих из доходов, что получает от маленького торга скотом - и все его благословляют. Знаешь ли, что эти люди достойны быть выставлены в романе. Гоголя старосветские помещики не большего заслуживают внимания. Да они и похожи на них. Набатов прожил со своею женою 60 лет душа в душу. Эти картины простого скромного быта, право, лучше всех картин Бальзака. Его 30-летние женщины ничего не значат против простой старухи, которая безмятежно прожила 80 лет с полной любовью к ближнему.