История этого святого места насчитывает несколько столетий. Здесь, на берегу Москва-реки был монастырь и село Новорождественное, а в 1730 году вместо ветхой деревянной церкви был построен каменный храм Рождества Иоанна Предтечи с приделом в честь святителя Николая. Сохранились также сведения о существовании здесь храма святой великомученицы Параскевы Пятницы.

В 1938 году священнослужители, староста, пономарь и ключницы храма были арестованы. Под предлогом необходимости кирпича для строительства школы храм решили разобрать. В 1940 году оставшуюся часть церкви и колокольни взорвали, территорию разровняли тракторами и засыпали песком.

В июле 1998 года приход храма святого Пантелеимона начал проводить здесь археологические работы с целью определения местонахождения церкви Рождества Иоанна Предтечи. На глубине 80 см были обнаружены пол и стены храма, солея, амвон и главное – место Святого Престола.

Силами алтарников и прихожан Пантелеимоновской церкви здесь был возведен небольшой деревянный храм. Строительные работы проводились в крайне тяжелых условиях – при отсутствии электричества, тепла, газопровода и воды.

19 декабря 1998 года в праздник святителя Николая Чудотворца на месте разрушенного храма после 60-летнего перерыва была совершена первая Божественная литургия.

В настоящее время во вновь возведенном храме продолжаются отделочные работы. Построены трапезная, сторожка и гостевые домики, вырыт колодец, в храме и жилых помещениях сложены печи.

Силами помощников храма и прихожан продолжаются археологические раскопки. Создан церковно-археологический кабинет, где представлены различные экспонаты, найденные в результате раскопок.