Существует известное донесение архимандрита Пафнутиев-Боровского монастыря, которому принадлежало с. Енино, что "...приехав, воровские люди разбойнически в дом к пономарю Ивану Васильевичу, и двор его и церковь Божию имя Св. Благоверных князей Бориса и Глеба зажгли ...". Датируется оно 1757 годом.

Каменная церковь построена в 1828 году. Здание представляет образец провинциального сельского строительства, где приемы архитектуры ампира получили упрощенную местную интерпретацию. Неоштукатуренный кубический объем церкви завершен невысокой ротондой с плоским куполом. Трапезная соединяет храм с двухъярусной колокольней. Архитектурные формы лапидарны. Скромный декор, основанный на использовании мотива тройного окна обогащает боковые фасады четверика, имеющие щипцовое завершение.

Прихожанами церкви были жители села Енино, деревень Никифорово, Зиброво, Жидовиново.

После секуляризации церковных земель Енино перешло в государственную собственность.

В тридцатые годы двадцатого века церковь была закрыта, богослужения прекращены, церковное имущество разграблено. Настоятель был репрессирован и выслан вместе с семьёй. Помещение церкви новыми властями использовалось под зерновой склад и пекарню. После укрупнения колхозов была заброшена и сильно обветшала. В настоящее время занята сторонними организациями.