Село Игумново на протяжении нескольких веков было вотчиной Высоцкого монастыря г. Серпухова. В 1627 году здесь был двор монастырский, 9 дворов крестьян и один бобыльский. Деревянная церковь, построенная "клецки", стояла "без пения". В 1672 году на смену ей пришла новая деревянная церковь.

После секуляризации церковных земель село Игумново стало казенным.

Как сказано в "Ведомости о церкви Флоро-Лаврской Московской губернии Серпуховского уезда села Игумново", "каменная церковь построена в 1800 году тщанием приходских людей". Местное предание свидетельствует, что главным жертвователем был помещик сельца Саймоново, что в шести верстах от Игумново.

Освящена церковь была лишь в 1823 году после того как был "иконостас позолочен, иконы написаны, стенное писание устроено благолепно".

"Здание каменное, - свидетельствует ведомость, - с таковою же колокольней, покрыта железами, тверда. Престолов в ней два: в настоящей во имя св. мучеников Флора и Лавра; в пределе холодном же во имя святителя Саввы Сербского.

В клировой ведомости за 1831 год сказано, что "причта положено издавна священник, дьячок и пономарь". Приход состоит из жителей села Игумново (46 дворов, 176 мужчин, 194 женщины), сельца Саймонова (14 дворов, 65 мужчин, 65 женщин), деревни Байдиной (3 двора, 18 мужчин, 25 женщин).

В 1892 году при церкви открыта церковно-приходская школа. В 1899 году псаломщик церкви (прослуживший к тому времени в ней 50 лет) Андрей Емельянович Смирнов "Высочайше награжден за 50 - летнюю службу золотой медалью с надписью "За усердие" для ношения на шее на Аннинской ленте". Еще 9 лет служил он в церкви, уйдя на покой в 79 лет.

Сведения за 1909 год сообщают, что причта по штату священник и псаломщик, содержание их скудное, утварью церковь недостаточна.

Церковь была закрыта в 1939 году, церковное имущество было конфисковано, все ценное было вывезено в Серпухов. Здание церкви использовалось под складские помещения различного назначения.

Благодаря стараниям тогдашнего настоятеля прот. Савелия Гаврилина сохранились особо ныне почитаемые прихожанами большое деревянное распятие и ростовая икона архангела Михаила - покровителя святых братьев Флора и Лавра.

В 80е годы XX века церковь была превращена в клуб.

С 1996 года богослужения в церкви возобновлены и совершаются в воскресенье и праздничные дни. При церкви работают церковно-приходская школа и библиотека.