Устроена из кирпича на старом Юшковском погосте в 1691 году на месте деревянного храма, отмеченного под 1617 годом. Общая композиция церкви, традиционная для зодчества XVII века, сочетается с декоративными формами московского барокко. Здание состоит из кубического объема четверика, завершенного карнизом и поясом кокошников, небольшой трапезной и шатровой колокольни. В 1860 году, когда селом владел князь Н. С. Вяземский, боковые фасады храма были застроены приделами, что повлекло за собой ряд изменений в облике храма. В 1880-е годы село Нехорошево было одним из ведущих культурно-просветительских центров Московской епархии, известным не только в России, но и далеко за ее пределами. При храме существовала церковно-учительская школа, попечителями которой были баронесса С. М. Энгельгардт и Иван Андреевич Хутарев. При участии семейства Хутаревых церковь была перестроена и заново расписана. В 1884 году появилось двухэтажное каменное здание церковно-приходской школы.

В советское время храм был закрыт (в 1937 году) и разграблен. Судьба последнего настоятеля и его семьи неизвестна. С закрытием школы в 1984 году перестало существовать и село Нехорошево.

В 1999 году храм был возвращен Православной Церкви. Ведутся восстановительные работы. Частные богослужения совершаются еженедельно.