Монастырь учрежден решением Священного Синода Русской Православной Церкви от 7 мая 2003 года, по прошению Высокопреосвященного Архиепископа Благовещенского и Тындинского Гавриила. Наместником монастыря утвержден игумен Серафим (Герасимов).

Предшественниками монастыря почитается Спасов монастырь в урочище Брусяной камень, основанный иеромонахом Гермогеном в 1667 году и просуществовавшим до 1689 года, когда был сожжен при оставлении русскими Албазино и всех амурских поселений в соответствии с Нерченским договором. С 1905 года по тридцатые, действовал Усть-Будуинский Свято-Успенкий монастырь в 18 верстах от Благовещенска. После ликвидации большевиками остались строения деревянной церкви и каменного братского корпуса, занятые в настоящее время под квартиры. Гавриило-Архангелский монастырь преобразован из прихода «Благовещения Божией Матери» (бывший кафедральный сбор), храм которого стал монастырским. Монахами монастыря являются монашествующие священники епархии, служащие на разных приходах.

На духовном соборе монастыря 8 июля 2003 года под председательством его священноархимандрита Архиепископа Гавриила был избран духовный совет и избран духовник монастыря, благочинный и эконом.