Первое упоминание о храме в Гончарах относится к XV в. По преданию, супруга царя Иоанна III - София Палеолог долго молилась о чадородии во многих обителях и дала обет о том, что поставит Божии храмы. Узнав о том, что ждет младенца, царица воздвигла в Коломне деревянный Зачатьевский храм.

На рубеже XVI-XVII вв. эта церковь сгорела. После пожара была найдена в пепле невредимой от огня икона Нерукотворного Образа Спасителя, когда-то пожертвованная жителями из деревни Митяево. В память об этом чудесном событии, вместо сгоревшей Зачатьевской церкви, была построена другая - в честь Нерукотворного Образа Господня.

В 1680-1689 годах храм перестраивается и закладывается из камня, на месте деревянной церкви Зачатия Святой Анны, сохранив свое старое название.

7 июля 1689 г. храм освятили в честь Богоявления Господня.

Зимой службы переносились в соседний деревянный храм Пресвятой Богородицы. Память об этой церкви сохранилась в Богоявленском храме в названии одного из приделов.

В 1800 г. при настоятеле отце Никите Афанасьеве были пристроены два придела - в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы и во имя священномученика Харлампия - и возведена новая колокольня. Четверик церкви перестроен.

В советское время Богоявленский храм не закрывался.

В храме находятся особо почитаемые святыни: резная икона Божией Матери "Страстная" и ковчег с частицами мощей более шестидесяти святых.