Деревянная церковь Иоанна Богослова была построена в селе Фомкине в 1669 году, потом была перенесена в с. Могильцы. В то время Могильцы и Фомкино принадлежали помещику Петру Максимовичу Щербачеву. По прошествии 100 лет деревянная церковь обветшала, и М. Щербачев в 1767 году строит новую каменную. После перехода усадьбы в государственное ведомство храм становится приходским. В 60-е годы XIX века расширяют летнюю церковь, а в 1892 году на средства церковного старосты купца села Талиц Аигина В.П. к зимней церкви достраивают два придела - северный, в честь свт. Василия Херсонского и мученицы Татьяны, и южный, в честь Поклонения веригам апостола Петра и Анны Пророчицы. В 30-е годы XX столетия храм закрыли и сделали из него склад. При закрытии храма безбожниками варварски уничтожались святые иконы один "доброволец" ходил и смывал в таз позолоту с иконостаса, а другие разрубали на части иконы и тут же сжигали в поставленной для этой цели в храме железной печи От окончательного разрушения храм спасла реставрация 70-80-х годов, которую провело Министерство культуры по заказу Генеральной дирекции "Останкино". В 1993 г. в с. Богословское-на-Могильцах была зарегистрирована православная община, а в 1995 году храм официально передан Русской Православной Церкви.