На месте старого собора (построенного в 1398году) в конце 1550-х годов был сооружен новый, сохранившийся до наших дней. Новый храм Михаила Архангела стал усыпальницей князя С. И. Микулинского, потомка местных удельных князей. В связи с обветшанием собора в XVIII-XIX веках подвал был засыпан. Собор постепенно ветшал, но в 1886-1887 годах был укреплен и отреставрирован под руководством Н. В. Султанова (выложена стена между храмом и алтарем, переложены юго-восточный барабан и алтарный свод, заново сделаны главы). Старые росписи, покрывавшие стены собора по сведениям описи 1602 года, не сохранились.