В 1627 г. в селе Кленово, вотчине князя Никиты Петровича Борятинского, стояла деревянная шатровая церковь с колокольней, освященная во имя святителя Николая. С 1681 г. село стало вотчиной князей Черкасских.

В 1755 г. приход храма насчитывал 94 двора, богослужения совершались ежедневно.
26 марта 1758 г. князь П.Б.Черкасский построил новую деревянную церковь во имя святителя Николая Чудотворца. 30 сентября 1770 г. в ней был освящен теплый придел во имя апостолов Петра и Павла, устроенный князем П.П.Черкасским менее чем за 15 дней.

К 1793 г. его вдова построила в формах позднего барокко каменную церковь во имя святителя Николая с приделом апостолов Петра и Павла и стройную колокольню. Огромный купол храма покоится на восьмигранном барабане. Через три года в церкви были расписаны «иконным письмом евангельские притчи».

В 1871 г. прихожане положили устроить в трапезной придел в честь Владимирской иконы Божией Матери. Из часовни в близлежащей деревне перенесли издавна чествуемую Владимирскую икону, а на ее место поставили копию, и в 1872 г. новый престол был освящен. Половину расходов по устройству придела взял на себя почетный потомственный гражданин города Москвы Н.И.Колесов.

В 1888 г. стараниями церковного старосты крестьянина деревни Зыбино Кирилла Митрофанова был отлит новый колокол весом в 100 пудов и произведен ремонт. На средства московского купца А.И.Шамшина пол выстлали подольским камнем и в 1903 г. построили богадельню во имя святой великомученицы Варвары для престарелых и бедных. Тогда в храме служил священник Николай Вознесенский.

В 1933 г. разграбленную церковь передали под зернохранилище. Из кирпича храма местные жители делали сараи для домашней скотины. Бывшее недалеко от алтаря кладбище было полностью уничтожено. В храме также находились фетровая фабрика, магазины, общежитие совхозных работников, дважды горевшее.

26 октября 1991 г. образовалась православная община храма святых апостолов Петра и Павла. На средства благотворителя вновь выстроили разрушенную колокольню высотой 38 м.

В трапезной части храма вновь устроено сводчатое кирпичное перекрытие, сделана утепленная кровля что позволило под крышей иметь помещение для воскресной школы. Церковь обретает свой первоначальный благолепный вид. Сделаны теплые полы и
отопление

Изготовлена из смальты икона святителя Николая и устроена на ранее учиненном месте на колокольне. В 1999 г. храм вновь был наименован в память святителя Николая.