Храм в Середникове был построен в 1693 году на деньги князей Черкасских - хозяев Середнековской усадьбы того времени. Первоначально он возводился как однопрестольный храм в честь святителя Алексия, митрополита Московского (1300-1378), одного из наиболее почитаемых русских святых. Святитель Алексий был выдающимся церковным и государственным деятелем средневековой Руси, духовником преподобного Сергия Радонежского. Он является небесным покровителем Святейшего патриарха Алексия II.

История храма связана с именами выдающихся русских людей: поэта М.Ю. Лермонтова, который провел 4 лета, отдыхая в усадьбе у своей бабушки. В Середниково венчался известный русский реформатор П.А. Столыпин. В середине 19 века усадьба становится собственностью В.И. Фирсановой. Обладая значительным состоянием, она вкладывает средства в реконструкцию усадьбы и храма. Были пристроены 2 новых предела в честь Смоленской иконы Божией матери и святой великомученицы Параскевы, вместо разрушенных церквей в ближайших деревнях — Благовещенка и Подолино, возведена колокольня. Иконостас церкви того же времени был сделан местными мастерами - краснодеревщиками.

За свою более чем 300 летнюю историю храм претерпел много изменений, но никогда не закрывался. В советское время он оставался единственным действующим храмом этого района. Известно, что святая блаженная Матрона посещала храм святителя Алексия в последние годы своей жизни. В 1941 году последний рубеж обороны Москвы проходил по руслу реки Горетовка в 100 метрах от храма. Колокольня была разрушена. Но богослужения не прекращались.

В 2000 году колокольня была восстановлена на пожертвования прихожан. Сейчас в храме ежедневно совершаются богослужения. По субботам и воскресеньям священники храма проводят тематические беседы о наиболее актуальных вопросах христианской жизни.