Упоминавшееся еще в ХVI в. село на реке Холминке было полностью уничтожено в Смутное время. Но, восстав из пепла, в 1643 году село обретает святыню – деревянную Знаменскую церковь, построенную князем И. Ф. Шаховским.

В 1696 году на средства Д. Н. Головина и жителей села строится новая каменная церковь, сохранившаяся до наших дней.

Храм стал интереснейшим образцом Московского зодчества, выдержанным в традициях раннего нарышкинского барокко. Белокаменная резьба на фасаде создает осязаемое ощущение теплоты и бархатного уюта. Внутренний объем, освещенный тремя ярусами окон, зовет человека ввысь, отпуская свободно лететь мысли и чувства и направляя к духовному созерцанию Красоты и Добра.

В 1825 году на средства помещицы А. С. Бове сооружаются колокольня и южный предел. Строительством руководил известнейший архитектор О. И. Бове (главный архитектор г. Москвы после пожара 1812 года, известный по Большому и Малому театрам, Манежу, Триумфальной Арке) – супруг помещицы. Архитектор, воспитанный на традициях классицизма, непревзойденным декоративным решением объединяет разрозненные постройки в единый ансамбль. При строительстве колокольни применялись интересные, и даже уникальные ,технические разработки.

В 1937 году храм был закрыт, священник – репрессирован, здание отдано под склад, а его сердце -престол – вырвано.

В ноябре 2002 года в Знаменскую церковь с. Холмы назначен настоятель, и с этого времени началось возрождение святыни. Сейчас в храме регулярно совершаются богослужения, во время которых возносятся молитвы обо всех благотворителях, когда-либо оказавших помощь храму, о нашей стране и обо всем мире.