Лужники в 1-й половине XVI в. - оброчное поместье Андрея Непотева. В 1559 г. оно пожаловано Троицкому Белопесоцкому монастырю. В 1627 г. в Лужниках построена деревянная церковь Воскресения Христова. В 1774 г. владелец села Семен Никитич Маслов построил новую деревянную церковь, освященную во имя Живоначальной Троицы. В 1813 г. по завещанию поручика Порфирия Федоровича Грекова на месте сгоревшей возведена каменная ныне существующая Троицкая церковь. В 1819 г. пристроена трапезная с престолами во имя Казанской иконы Божией Матери и великомученицы Екатерины. После перестройки в 1847 г. церковь приняла вид. в котором дошла до нашего времени.

В советское время церковь была закрыта. В 1991 г. руины переданы общине верующих. Храм восстановлен.