В селе Дыдылдино у реки Купелинки исстари стояла деревянная Ильинская церковь. Записи 1627 г. сохранили свидетельство о том, что после разрухи Смутного времени церковь Пророка Илии стала «ветха, обвалилась», «село пусто». В 1632 г. была построена новая деревянная церковь. До 1764 г. Дыдылдино было вотчиной Вознесенского девичьего монастыря. В 1748 г. построили летнюю деревянную на каменном фундаменте церковь и освятили в честь Рождества Пресвятой Богородицы. С 1830-х гг. церковь неоднократно ремонтировалась, и в 1894 г. прихожане обратились с просьбой построить кирпичную церковь и освятить ее в честь Донской иконы Божией Матери.
Храм строился на средства действительного статского советника, дворянина, кандидата коммерции Ивана Андреевича Колесникова. Вскоре новый каменный храм с колокольней был выстроен на вершине
холма, у пологого спуска к реке Битце, и 18 августа 1896 г. освящен. Наружное убранство храма выполнено в древнерусском стиле с использованием приемов и форм архитектуры XVI-XVII вв. Иконы написал художник Стороженко, а мастер Ерзунов выполнил настенные росписи.

В 1930-е гг. церковь была закрыта. Внутреннее убранство ее было разграблено, красивейшие с золочением росписи уничтожены. Храм стоял без окон, без дверей, с покосившимися крестами, с земляным полом, частично без кровли. Использовался как склад, для тренировок альпинистов.

В 1992 г. храм возвращен Русской Православной Церкви и освящен во имя пророка Божия Илии.