Преподобный Ферапонт (в миру - волоколамский дворянин Федор Поскочин) принял постриг в 1370-х гг. в возрасте 40 лет в Московском Симоновом монастыре, где часто вел напряженные духовные беседы с другом своим Кириллом (впоследствии Белозерским) и наставником Сергием Радонежским. Ферапонт с Кириллом основали Кирилло-Белозерский монастырь, но в 1398 г. Ферапонт расстался с Кириллом.
Подвижник по просьбе блгв. кн. Андрея Димитриевича Можайского, младшего сына св. блгв. кн. Димитрия Иоанновича Донского, выбрал для нового монастыря место на высоком правом берегу Москвы-реки и в 1408 г. заложил здесь деревянный храм Рождества Богородицы. Старец умер в Лужецком монастыре в 1426 г. в возрасте 90 лет от роду. В 1547-м он был причислен к лику святых.

Создание сохранившегося ансамбля монастыря связано с именем свт. Макария, митрополита Московского, до этого архиепископа Новгородского, а в начале XVI в. - игумена Лужецкого монастыря. Уехав в Новгород, Макарий сделал крупный вклад в Лужецкую обитель, на который между 1526 и 1542 гг. были выстроены в камне монументальный собор и трапезная с храмом, Ансамбль монастыря был закончен в последней четверти XVII в.

Монастырь не раз служил боевой крепостью. Его разоряли литовцы, поляки. Осквернили ее в 1812 г. солдаты корпуса генерала Жюно: во Введенской церкви устроили казарму, молотили рожь, в храме прп. Ферапонта сделали столярную мастерскую, в кельях и трапезной держали лошадей, в ограде пробили орудийные амбразуры.

После ухода французов весь монастырь был завален трупами лошадей. Более того, обитель чуть не взлетела на воздух: на прощание наполеоновские солдаты раскидали по ней мешки с порохом и
монастырского служителя Ивана Матвеева, который, рискуя жизнью, разбросал мешки с порохом и предотвратил взрыв, спас монастырь от разрушения.

Лужецкий монастырь был вскоре отстроен.

В начале XX в. в монастыре было 4 храма: собор Рождества Богородицы (пер. пол. XVI в.); храм во имя св. Ферапонта (XVI в.); Введенская церковь с трапезной (пер. пол. XVI в.); церковь Преображения (1547 г.) над Святыми вратами. А также колокольня (1673-1692 гг.), с колокольной палаткой - усыпальницей Савеловых, родственников Патриарха Иоакима, на вклад которого и была сооружена колокольня, кельи (1681-1692,1814 г.); ограда с башнями (1681-1692,1761-1768 гг.).

В храме во имя прп. Ферапонта почивали под спудом мощи святого. Рядом с монастырем сохранялся под сенью деревянной часовни «колодезь прп. Ферапонта». Достопримечательностью обители был 85-пудовый «полиелейный» колокол, отлитый в 1648 г. Управлял монастырем архимандрит.

Закрытый в 1926 г., монастырь пережил разорение, запустение. В 1928 г. началось разрушение Ферапонтова храма. В довоенный период в монастыре размещались фурнитурная фабрика и цех по производству медицинского оборудования. На монастырском некрополе находились фабричные гаражи со смотровыми ямами, складские помещения, поэтому до недавнего времени дожди вымывали останки погребенных на монастырском кладбище. В братских кельях были устроены коммунальные квартиры.

Во время фашистской оккупации монастырь использовался как лагерь для военнопленных, а после освобождения Можайска от фашистов для подобных же целей его использовали органы НКВД.

Реставрация монастыря началась лишь в 1961-1965 гг.

Мужской Лужецкий монастырь возрожден в апреле 1993 г. Первоначально он имел статус ставропигиального, но в 1994 г. был передан в Московскую епархию.

26 мая 1999 г. были обретены честные мощи основателя монастыря, почивавшие под спудом 573 года. Ныне они покоятся в маленькой надвратной Преображенской церкви.
Возобновлены богослужения в церквах Введения и Феодора Стратилата, а также в церкви Преображения Господня над Святыми вратами.