Впервые село Домодедово упомянуто в 1401 г. в духовной грамоте князя Владимира Андреевича Серпуховского. В XVII в. село было дворцовым, до 1654 г. - вотчиной Никиты Ивановича Романова, а после его смерти перешло во владение царя Алексея Михайловича.

До 1646 г. в селе значатся деревянные церкви: в честь Рождества Христова и во имя святителя Николая Чудотворца. В 1646 г. в селе числилось 4 двора церковных на церковной земле и 56 дворов крестьянских. В начале XVIII в. в селе находилась богадельня. Помещиком был князь Александр Данилович Меншиков.

По указу императрицы Анны Иоанновны в конце 1731 г. «велено в селе Домодедово церковь строить», на что выдали 1000 рублей и выслали в Москву сто подвод для перевозки материалов и припасов к строительству. Из Москвы в Домодедово доставили 200 еловых бревен, 152 пуда железа, металлические решетки на окна. На стройку церкви поставляли белый камень крестьяне
Старо-Фроловского Яма и деревень Киселихи и Новленской. Всего было затрачено более 5 тысяч рублей. Императрица утвердила чертежи иконостаса и макет церкви, но повелела колокольню разобрать и построить более высокую и со шпилем.

В то же время был произведен ремонт в старой деревянной церкви, где продолжались богослужения.

Каменный храм освятили только 7 марта 1746 г. Более века церковь простояла без переделок, лишь накануне Отечественной войны 1812 г. была обновлена крыша.

В 1830-е гг. церковь стала разрушаться, и в 1837 г.
было испрошено разрешение на ее перестройку. Были разобраны и возведены заново колокольня и трапезная.

Правый придел Никольского храма посвящен Рождеству Христову, левый — святителям Московским: Петру, Алексию, Ионе, Филиппу и Ермогену.