Село Ильинское упоминается в духовной грамоте великого князя Ивана Даниловича Калиты в 1339 г.:
«Се дал есмь своему болшему Семену: Можаеск, Коломьну со всеми Коломеньскими волостями… деревни Маковец, Левичин, Скулнев…» . Скулнев, затем Скульнев стан – это первоначальное название села, которое постройкой церкви во имя пророка Илии стало называться Ильинским.

По Коломенским писцовым книгам 1577-1578 гг., село записано как старая вотчина Алексеевского девичьего монастыря, что в Москве. В годы Смуты село было разорено. Деревянная церковь в селе в XV-XVIII вв. неоднократно перестраивалась или обновлялась, но иконы старинного письма переносились из храма в храм. Две особенно ценные иконы были греческого письма, в медных ризах и деревянных киотах — это икона Спасителя и Донской образ Божией Матери.

Дошедшая до нашего времени Ильинская церковь с Никольским приделом сложена из белого камня и кирпича на пожертвования прихожан в 1819-1829 гг. Храм бесстолпный, двусветный, с изящной главкой. Придел во имя святителя Николая отделялся от основной церкви каменной стеной с аркой для стеклянных дверей. Алтарь основной церкви от храма — также каменной стеной. Иконостас основной в церкви имел четыре яруса, а в приделе — три. В 1838 г. началось сооружение колокольни, объединенной с церковью притвором. Колокольня имела три яруса и была выполнена в византийском стиле. В 1855 г. усердием купца Василия Афанасьевича Шишлова на колокольне установили 100-пудовый колокол.

Начиная с XIX в. на Илию Пророка — храмовый праздник в селе ежегодно проходили ярмарки.

В 1917 г. священником церкви был Павел Смирнов. В годы лихолетья он был сослан на Север и скончался в пути. В здании церкви устраивали склад, общежитие, магазин.

Живопись внутри храма выжгли паяльными лампами.

В начале 1992 г. храм во имя Илии Пророка был передан общине верующих разрушенным. В нем начались регулярные богослужения. 24 ноября 1996 г. состоялось освящение храма, который снова обрел благолепный вид. Построена колокольня.