Иосиф Волоцкий (в миру Иван Санин) был пострижен в монахи прп. Пафнутием Боровским. Он стал его преемником по игуменству и попытался ввести в Пафнутиевом монастыре общежительный устав, но встретил противодействие братии. Тогда он ушел странствовать по монастырям вместе со старцем Герасимом, а в 1479 г. вернулся в родные волоколамские пределы, испросил и получил согласие волоколамского кн. Бориса Владимировича устроить мужской монастырь, в который сразу стали стекаться пожертвования.

На месте, указанном свыше, Иосиф поставил крест и часовню с образом Богоматери Одигитрии, подаренным прп. Пафнутием. Вскоре Иосиф и кн. Борис заложили здесь деревянный Успенский храм (освящен 15 свет. 1479 г.). В 1486 г. в новом монастыре выстроили каменный собор, расписанный знаменитым Дионисием, а в 1490-м - каменную колокольню.

При жизни основателя в монастыре был особый строжайший устав. Уже в те времена монастырь был значительным центром древнерусской культуры. В. О. Ключевский писал: «Ни один русский монастырь не обнаружил литературного возбуждения, равного тому, какое находим в обители Иосифа».

В Иосифовом монастыре иночествовали Гурий и Герман, будущие просветители Казани.

Иосиф Волоцкий участвовал в церковных соборах 1490, 1503, 1504 гг., осуждал ересь «жидовствующих», был главой партии «осифлян», отстаивав ших в спорах с «нестяжателями» право монастырей владеть землями и богатствами на том основании, что они необходимы инокам, чтобы служить бедным.

Уже при жизни Иосиф прославился многими чудесами. Например, когда сын кн. Бориса Иоанн умер без покаяния, Иосиф своею молитвой оживил его, исповедал и причастил, чтобы тот отошел в мир иной как подобает христианину. Наследник и сын Бориса, похороненного в монастыре, кн. Феодор, притеснял монастырь в течение 10 лет. Потеряв терпение, Иосиф Волоцкий, нарушая феодальный суверенитет, «передался под руку» вел. кн. московского Иоанна Васильевича. Феодор пожаловался новгородскому архиеп. Серапиону в чьей юрисдикции находился Иосифов монастырь, и тот отлучил преподобного от церкви! Но Московский митр. Симон разрешил Иосифа от неправедного отлучения. Преподобный, которого в последние годы на руках носили в церковь, умер в 1515 г. В 1591-м его причислили к лику святых.

В XVI ст. в Иосифов монастырь часто приезжал Иван Грозный, делал сюда крупные вклады. Обитель была одной из богатейших на Руси: в 1570-е гг., например, она владела более 25 тыс. дес. земли. Все богатства она утратила в 1764-м при секуляризации.

Служила обитель и боевой крепостью. Первые каменные стены появились здесь еще в 1543-1566 гг. В Смутное время монастырь осаждали поляки, его захватил на время сподвижник Лжедмитрия II кн. Рожинский, но был разбит отрядом воеводы Валуева. В память об этом событии в монастыре остались старинные пушки, из которых в XIX ст. стреляли во время водоосвящения.

Архитектурный ансамбль обители, напоминавший исследователям сказочный град Китеж на берегу озера, был завершен в XVII в. строительством большого собора и изумительной колокольни-«свечи». В украшении зданий изразцами участвовал знаменитый мастер Степан Полубес. Резной ажурный иконостас с витыми прорезными колоннами принадлежит мастеру Евсевию Леонтьеву, а живопись - Григорию Антонову, Фоме и Василию Потаповым.

В начале XX в. в монастыре было 5 храмов, неподалеку действовал скит Всех святых с «колодезем Иосифа Волоцкого». Жила обитель по древнему Студийскому уставу, управлял ею архимандрит. При монастыре действовали гостиница, странноприимный дом, богадельня, больница, церковно-приходская школа. Ежегодно совершалось 4 крестных хода.

В 1920-е гг. Иосифо-Волоколамский монастырь был закрыт. Книги монастырской библиотеки забрали в собрание ГБЛ, в 1929-1931 гг. были переплавлены все колокола. В монастыре разместился музей (филиал Волоколамского краеведческого, позднее - областного краеведческого). В 1941 г. была | уничтожена монастырская колокольня, так до сих пор и не восстановленная.

Иосифо-Волоколамский мужской монастырь возрожден в мае 1989 г. В 1999 г. стал ставропигиальным.