Возникновение деревни Заболотье связано с древним «погостом в Ростовцах», находившимся в двух верстах от села Домодедово выше по течению реки Пахры. На погосте была церковь во имя благоверных князей-страстотерпцев Бориса и Глеба, первое упоминание о которой имеется под 1628 г.

В дозорных книгах 1680 г. церковь числится в вотчине боярина князя Ю.И.Ромодановского. Священником в то время был отец Гавриил Родионов.
В 1734 г. издан указ о строении вместо ветхой Борисоглебской церкви, на том же месте, новой, деревянной, которую через год уже освятили. В 1785 г. была построена на средства графини Б.И.Головкиной белокаменная церковь во имя святых князей Бориса и Глеба.

С исчезновением Борисоглебского погоста, закрытия церкви, исчезло село Борисоглебское, а Заболотье осталось деревней. В XIX в. деревня Заболотье находилась в Дворцовом ведомстве, в ней в 1852 г. насчитывалось 36 дворов и 331 житель.

Последним священником в храме был Николай Добролюбов. Его арестовали 24 января 1938 г., а 26 февраля расстреляли. Ныне он прославлен в Соборе новомучеников и исповедников Российских.

В советский период Борисоглебский погост попал в территорию щербинской свалки, а здание церкви Бориса и Глеба использовалось под склад. При перестройке в 1950-х встроен с колокольней в новый производственный корпус.

В настоящее время зарегистрирована община верующих. Велась работа по возвращению храмового комплекса Русской Православной Церкви.

По благословению правящего архиерея Московской епархии, митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия, было решено не восстанавливать разрушенный храм, а возвести новый Борисоглебский храм недалеко от Щербинки в деревне Заболотье.