Первые документальные сведения о церкви содержатся в писцовой книге Ратуева стана Московского уезда за 1627 г. «Погост приходной на реке Пахре на Каширской дороге, - записано в ней, - а на погосте церковь Флора и Лавра деревянная, а в церкви и образы, и свечи, и книги, на колокольнице колокола и всякое церковное строение приходных людей, а у церкви на погосте во дворе поп Архип Васильев, во дворе церковный дьячок Илейка Прокофьев, во дворе пономарь Гришка Федоров, во дворе просвирница Ориньица Прокофьева дочь, да на погосте на церковной земле два двора бобыльских…, да того же погоста попа Архипа на реке Пахре на Большой Каширской дороге перевоз, церковная пустошь Рыбушкин враг на ручье».

Кроме жителей погоста в приходе церкви тогда числились жители дворцовых деревень Павловской и Белеутова, вотчин Марьи Спасителевой сельца Горки Верхние и деревни Горки Нижние, Николо-Угрешского монастыря деревень Старое и Новое Съяново, князя Алексея Михайловича Львова сельцо Пахрино.

Судьба самого погоста в те годы сложилась не совсем обычно. 46 десятин принадлежавших ему земель еще в 1626 г. по грамоте митрополита Филиппа были отданы попу Архипу, а церковь переживала не лучшие свои времена. «Ноября в 7 день 1643 г., - записано в делах Патриархии, - по указу святейшего Иосифа Патриарха Московского, а по челобитью за пометой дьяка Григория Одинцова, той церкви свв. мучеников Флора и Лавра с попа Архипа дани на прошлый 1638 год для ево бедности, имать не велено». После кончины Архипа его место занял сын Алексей Архипов, при котором в церкви появился придел во имя Николая Чудотворца. Но Алексей умер сравнительно молодым. Овдовевшая матушка куда-то съехала, а землю и перевоз в 1649 г. продали в вотчину известному боярину и воеводе князю Юрию Алексеевичу Долгорукому. В отказной книге поместного приказа бывший погост впервые назван селом, «что был погост Фроловский на р. Пахре, а в нем деревянная церковь Флора и Лавра с приделом Николая Чудотворца, а у церкви двор попа, в котором живет вдовая бобылка с четырьмя пасынками, да два двора бобыльских пустых… А по сказке сторонних людей бобыль с племянником бежал в нынешнем году, но где он живет, того они не ведают. А бобыля Гришку Иванова с детьми вывезли люди боярина Никиты Ивановича Романова в нынешнем году». Упомянутый в отказной боярин приходился двоюродным дядей царю Михаилу Феодоровичу и в то время владел соседним селом Ермолино. Князь Долгорукий владел селом недолго, оно в 1662 г. было отписано на Государя и приписано к дворцовой Домодедовской волости.

Церковь с приделом Николая Чудотворца несколько раз перестраивалась и обновлялась, но до начала XIX века оставалась деревянной. Строительство каменной церкви в некоторых печатных источниках датируется 1791 годом. Но это неточно. 3 августа того года митрополитом Платоном дана лишь храмозданная грамота на строительство каменной церкви во имя Флора и Лавра с приделами во имя святых апостолов Петра и Павла и святителя Николая. По мировым ведомостям за 1798 г. церковь значится деревянной. Очевидно, строительство ее затянулось, так как работы проводились в основном за счет прихожан. В те годы в приходе числилось 110 дворов и 1242 прихожанина обоих полов. Как каменная и крытая железом она записана лишь в 1819 г., а в письме священника Михаила Васильева и церковного старосты Николая Исидорова архиепископу Московскому и Коломенскому Филарету, датированном июнем 1823 г., сообщалось, что церковь в селе каменная «и утварью довольна» и престол во имя святых апостолов Петра и Павла в правом приделе уже освящен, а на левой стороне трапезы оставлено пустое место, где они хотели бы устроить другой придел во имя святителя Николая и просили на это разрешение, приложив при этом план придела.

Получив разрешение, они приступили к устройству нового придела, сделав дубовые престол и жертвенник, двухъярусный с вызолоченной резьбой гладкий иконостас, покрытый светло-голубой краской. Царские врата изготовили резными и вызолотили их, а над ними разместили крест с Распятием Христовым. В иконостасе имелось 20 икон местных с серебряными венцами, а икона святителя Николая имела позолоченные ризу и венец. Кроме того, в приделе имелись иконы Спасителя, Божией Матери и Иоанна Предтечи, помещенные в одну позолоченную раму. «По резолюции Вашего Высокопреосвященства, - писал в октябре 1825 г. священник архиепископу Филарету, - дозволено было в нашей церкви в трапезе на левой стороне устроить вновь придел во имя Святителя и Чудотворца Николая, который ныне устроен, совершенно окончен и все благопотребное к священнослужению имеется». Освящен новый придел 18 октября 1825 г. благочинным подольским священником Василием Ивановым.

Заметный след в истории церкви оставил священник Федор Тимофеевич Шеметов, назначенный сюда в 1835 г. Молодой и энергичный, он в 1837 г. получил разрешение митрополита на первоначальное обучение детей прихожан. В этом же году по его инициативе при церкви в двух избах с сенями открыта богадельня, в которой находили кров и пищу 10 - 12 человек в возрасте 60 - 75 лет, не имеющих пристанища.

В те годы разрастался не только Старый Ям, но и селения прихода. К середине XIX в. в них насчитывалось 203 двора с 1848 жителями. Многие из них занимались не только землепашеством, но и извозом, в том числе и в Москве, работали на столичных текстильных фабриках, занимались золотопрядильным мастерством. Наиболее состоятельные еще с середины XVIII в. записывались в московское купечество, а молодые вместо армейской службы поступали конюхами, кучерами, мастеровыми в придворную конюшню, не порывая связи с родными селениями. Среди прихожан было немало таких, чей достаток был сравнительно высок и они охотно делились своими доходами с церковью. По инициативе священника Ф.Т. Шеметова в начале 50-х г.г. XIX в. архитектором А. Елагиным был разработан проект перестройки трапезы и колокольни храма, а 7 мая 1852 г. получено разрешение на перестройку. Задуманное осуществляли за счет средств прихожан и пожертвований доброхотных людей, а когда оказалось, что средств на перестройку не хватает, взяли заимообразно три тысячи рублей серебром из общественной волостной суммы. В 1855 г. было завершено строительство колокольни, а в последующие пять лет - более обширных приделов, один из которых освятил сам митрополит Филарет.

Однако полностью осуществить елагинский проект так и не удалось и не в последнюю роль по причине начавшейся крестьянской реформы, упомянутых ранее пожаров в селе, упадка торговли. И только в 1888 г. священник Иоанн Никитин, церковный староста, московский купец, ранее бывший крестьянином д. Павловской, Василий Семенович Леонов, сельские старосты прихода Сергей Андреевич Шурыгин, Борис Иванович Михеев представили митрополиту Иоаникию новый план перестройки храма, составленный епархиальным архитектором В.Крыгиным. В прошении о перестройке подчеркивалось, что по новому плану храм «с внешней стороны будет много величественнее, а по внутреннему устройству открытее, поместительнее, во всем удобнее», и средства и строительные материалы для перестройки имеются, а кирпич и камень старого храма будут употреблены на постройку нового.
Храм во имя святых мучеников Флора и Лавра со стороны реки Пахры. Картина реставратора храма Нелли Крапивенцевой

После того, как было получено разрешение митрополита, старый настоящий холодный храм в 1889 г. разобрали, а затем разобрали и своды трапезной. В соответствии с проектом стены трапезы нарастили, над ними возвели новые, более высокие своды с центральным световым барабаном, для поддержания которого поставили четыре каменных столба. По углам новых сводов разместили четыре малых глухих барабана. Вчерне строительство храма было закончено в 1893 г., когда состоялось освящение правого придела, посвященного святителю Николаю. «В большом торговом селе Подольского уезда Старый Ям, - сообщали «Московские церковные ведомости», - происходило торжество освящения одного из приделов перестраиваемого вновь сельского храма. Старый храм был невелик и не отличался особым благолепием. В новом своем виде церковь будет иметь величественный вид. Архитектура храма напоминает собою московскую церковь Василия Кессарийского. Работы производятся исключительно на доброхотные пожертвования».

Строительство предусмотренных проектом трех алтарных помещений, примыкающих к трапезе, и внутренняя отделка храма велись в последующие годы. В ходе отделки внутренние стены были покрыты штукатуркой и окрашены, а затем богато расписаны. Храм украсили три новых вызолоченных иконостаса. Перестроенная церковь могла принять одновременно до тысячи верующих. 12 июля 1898 г, освящен левый придел во имя апостолов Петра и Павла, а 23 августа - главный престол во имя свв. мучеников Флора и Лавра.

Около храма находился деревянный под железной крышей дом, в одной половине которого помещалась церковная сторожка, а в другой - просфорня. В 1899 г. при церкви основано церковно-приходское попечительство во главе со священником Владимиром Игнатьевичем Востоковым и уже в первый год 55 его членов внесли 343 рубля членских взносов, поступило 858 рублей пожертвований деньгами и на 2005 руб. строительными материалами.

Трудно переоценить заслугу церковного причта в образовании детей прихожан. Еще в 1859 г. по распоряжению удельного начальства в селе было открыто начальное училище. Именовалось оно волостным, размещалось в общественном доме и содержалось за счет специального сбора со всех селений волости. В ходе крестьянской реформы большая Домодедовская волость была разделена. Ее селения вошли в состав новой Домодедовской, а также Шебанцевской, Добрятинской и Сухановской волостей. При этом по решению волостного схода все имущество, принадлежавшее волости, было продано, а деньги поделены между всеми селениями. С первого июня 1868 г. по приговору волостного схода училище закрыли, свыше полсотни учеников распустили, а его помещение заняло волостное правление.

Обучение ребятишек прихода взяли на себя священнослужители церкви. В 1877 г., например, у них обучались 35 мальчиков из самого села и д. Павловской, а в 1884 г. священник Иоанн Никитин открыл мужскую церковно-приходскую школу, в которую записались 64 мальчика. Свою лепту в школьное строительство внес церковный староста купец В.С. Леонов. На пожертвованные им две тысячи рублей было построено здание женской церковно-приходской школы, которую открыли 3 октября 1889 г. Члены церковного причта были законоучителями не только в своих, но и в Белеутовской и в Жеребятьевской земских школах, открытых соответственно в 1911 и 1913 г.г. Большой популярностью среди прихожан пользовались августовские крестные ходы с иконой Иерусалимской Божией Матери, писанной еще в 1500 г. и доставлявшейся из Бронниц, на что в 1871 г. было дано специальное разрешение.

Особенно насыщенной церковная жизнь стала с приходом в церковь молодого и энергичного священника Петра Павловича Колосова. Ранее он был священником Никольской церкви с. Летова, где в 1897 г. на свои средства открыл школу грамоты. Прибыв на новое место в 1903 г., он уже на следующий год создал и возглавил Совет попечительства о приходских бедных. По прошению прихожан, подписанному священником, дьяконом Петром Николаевичем Минервиным, псаломщиком Сергеем Ивановичем Лавровым и церковным старостой Сергеем Ивановичем Поповым, в 1912 г. при церкви создано Общество хоругвеносцев. В его Уставе говорилось, что Общество создано для:

* ношения его членами хоругвей и святых икон при крестных ходах из церкви;

* устроения на средства Общества новых и поправление пришедших в негодность хоругвей, а также фонарей, крестов, киотов для икон, носимых при крестных ходах, а по мере умножения средств и для поддержания благолепия в храме;

* поддержания порядка при богослужениях в церкви в высокоторжественные дни посредством особого наряда из членов Общества;

* оказания помощи и призрения пришедшим почему-либо в бедственное положение, а равно и их семействам.

Членами общества могли стать лица православного вероисповедания всех сословий, достигшие совершеннолетия и «не опороченные в поведении». Они делились на почетных, действительных и пожизненных. К первым относили тех, кто оказывал особые услуги или покровительство; они освобождались от уплаты членских взносов и ношения хоругвей. Действительные члены вносили в кассу Общества по два рубля единовременного взноса и по рублю ежегодно. Те же, кто вносил сразу 25 руб., считались пожизненными членами. По повелению Николая II Святейший синод в марте 1913 г. утвердил форму нагрудного металлического значка в виде хоругви с православным крестом посредине в обрамлении венка из листьев. На нижней его части на развернутой ленте размещалась надпись «1613 г. Ф.Л. с. Я. О.Х.1913», что расшифровывалось как «Церкви Флора и Лавра с. Ям Общество хоругвеносцев», а боковые даты означали 300-летие царствующего дома Романовых, в честь которого и создано было Общество.

Конечно же, его членами становились наиболее состоятельные прихожане, т.к. устав предусматривал изготовление ими за свой счет форменного кафтана определенного покроя из сукна темно-синего цвета с отложным темно-лилового бархата воротником и бархатными того же цвета на рукавах обшлагами. Детали кафтана украшались серебряными галунами и кистями. Носить мундир полагалось только при исполнении членами Общества принятых на себя обязанностей, а в дни крестных ходов в мундире можно было присутствовать и в храме. Впрочем, состоятельных прихожан в то время было немало. «Приход с. Старого Яма, - писал в представлении благочинный протоиерей Николай Сироткин, - самый богатый в благочинническом округе, многолюдный по числу душ, древний по времени существования. Само с. Старый Ям торговое и большое как город… В приходе много дач. Население прихода зажиточное. Храм очень большой и богатый».

Председателем Общества стал священник П.П. Колосов, он же возглавил Попечительский совет по оказанию помощи семьям прихожан, призванных в армию, и участковое попечительство о бедных вдовах Домодедовской волости. Оба попечительства были созданы в 1914 г.

Вскоре приход обогатился еще одной церковью, построенной в имении З.Г. Рейнбот-Резвой. Основать церковь в Горках пытался еще в последней четверти XVIII в. помещик, капитан артиллерии Иван Михайлович Спасителев. «Жительство я имею в вотчине моей в Московском уезде в Ратуева стану, - писал он в 1776 г. митрополиту Тимофею, - д. Горках с присутственною к ней деревней же Васильевской, в коих стоит ныне 17 дворов, которые приписаны к церкви Флора и Лавра с. Старый Ям, которая обстоит по другую сторону р.Пахры… А понеже я за слабостью моего здоровья, а паче во время весны и осени по разлитию в той реке большой воды, в которое время перевозу никакого не бывает и за опасностью того как для моления, так и в приключившихся духовных потребностях мне и людям, и крестьянам моим бывает не безостановочно. А ныне желаю я в своей вотчине созиждать церковь во имя Одигитрии Пресвятой Богородицы с приделом Димитрия Чудотворца на каменном фундаменте деревянную и содержать при оной как священника, так и причт духовный… Того ради Вашего Преосвященства прошу о построении той церкви в оной моей вотчине… учинить дозволение».

Митрополит поручил Пехрянскому духовному правлению ознакомиться на месте с обстоятельствами и дать свое заключение. В последнем сообщалось, что в деревнях Спасителева проживает 172 души обоего пола, а по словам священника церкви Флора и Лавра Емельяна Гаврилова их прихожане, живущие за р. Пахрой, «в мирских требах и в самую полую воду остановки не имеют», но строительству в Горках церкви причт прекословить не будет. Однако иного мнения придерживались жители деревень Белеутово, Нового и Старого Съяново. Собравшись на мирской сход при церкви, они единодушно заявили, что «от приходской церкви Флора и Лавра, где их отцы и деды прежде были прихожанами, ни к какой иной церкви отойти не желают».

Ссылаясь на это мнение, консистория просьбу капитана оставила без удовлетворения. Все осталось по-прежнему. И вот летом 1915 г. консистории стало известно, что владелица усадьбы Горки построила-таки у себя церковь. Поскольку официального разрешения на строительство церкви консистория не давала, да и проект ее никто не утверждал, благочинному священнику Успенской церкви села Таболово Иосифу Введенскому было поручено осмотреть новопостроенную церковь и расспросить приходского священника о том, почему он о строительстве церкви в его приходе не сообщил в консисторию, а у владелицы усадьбы взять письменное объяснение. Выполнив поручение, Введенский доложил, что церковь построена в 426 метрах от жилых построек усадьбы, а «в архитектурном отношении достойна своего священного назначения, иконописание в иконостасе древнегреческое, все предметы, принадлежащие к богослужению, приобретены храмоздательницей с приличным достоинством».

К своему доношению он приложил письменные объяснения приходского священника и владелицы усадьбы. Первый объяснил, что он «не знал и ни от кого не слышал о строительстве храма, а видеть его было невозможно, так как он построен в глубоком парке госпожи Резвой, куда посторонним вход строго воспрещен, а при незначительной высоте храма среди высоких деревьев он не виден».

Госпожа же Резвая утверждала, что храм она строила на основании устного благословения митрополита Макария. Учитывая, что на территории усадьбы в то время проживало почти 400 человек, да 247 проживали в д. Горки, а также то, что храм уже построен, консистория разрешила освящение храма. Освятил его во имя Покрова Пресвятой Богородицы 17 августа 1915 г. епископ Можайский Димитрий, а консистория постановила: «Признать дальнейшее существование вновь выстроенного и освященного Покровского храма беспрепятственным и считать оный приписанным к ближайшей Флоровской церкви. Приписать причту сей церкви иметь Покровскую церковь в клировых ведомостях как приписанную, а настоятелю Флоровской церкви иметь за нею наблюдение, в особенности же наблюдать за состоянием святого алтаря, престола и жертвенника, иконостаса и святых икон, за целостью и сохранностью святого антиминса и сосудов, святого креста и Евангелия». Этим предписанием причт руководствовался в последующие годы. В клировой ведомости церкви за 1916 г. Покровская церковь указана как приписная. Здесь же упомянута и церковная богадельня, открытая в двухэтажном деревянном доме на каменном фундаменте священником В.И. Востоковым еще в 1899 г.
В 1917 г. в приходе церкви Флора и Лавра значилось уже 385 дворов и 2145 прихожан обоего пола. Доходы церкви от кружечного сбора, сдачи в аренду церковных земель, продажи свечей и других источников за этот год составили почти 10 тыс. рублей, что почти вдвое превышало доходы соседних церквей сел Домодедово и Колычево.

С первых же лет советской власти церковь стала подвергаться различным гонениям. Землю у нее отобрали, церковно-приходские школы и приходскую Горкинскую церковь закрыли. В последней устроили клуб, который вскоре сгорел.

Службы в храме в Старом Яме были прекращены в тридцатые годы, когда закрывали большинство церквей, особенно стоявших на виду, на оживленных дорогах. Последнего священника, о. Ярослава Савицкого, арестовали однажды ночью, впоследствии он был расстрелян в подмосковном селе Бутово и там же похоронен. В заключении погиб и диакон отец Петр Минервин. Его забрали в первую волну репрессий во время компании по реквизиции церковных ценностей…

Около храма был похоронен священник, прослуживший в селе Старый Ям более двадцати лет — о. Петр Колосов (место погребения удалось установить по свидетельству его сына Виктора Петровича Колосова в 1992 г). Весной 1920 г. во время эпидемии тифа священник П.П. Колосов, продолжавший причащать больных и отпевать умерших, сам заразился и умер. Сменил его родной брат Константин Павлович Колосов, который после окончания Московской духовной семинарии некоторое время учительствовал в церковно-приходской школе с. Ям, а в 1907 -1920 г.г. был священником Казанской церкви с. Богородское (ныне пос. Володарского Ленинского района Московской области).

В мае 1922 г. уездной комиссией по оказанию помощи голодающим из церкви изъяли все серебряные и позолоченные предметы общим весом 35,2 кг, в т.ч. девять риз с икон, два креста, четыре лампады, ковш, две звездницы, две чаши и три тарелочки. Священник и члены его семьи были лишены избирательных прав, а затем запретили колокольный звон. «Учитывая ходатайство местного населения о закрытии церкви Флора и Лавра в с. Ям Подольского района и о передаче ее помещения под столовую местного колхоза и принимая во внимание пригодность для этого испрашиваемой церкви, - записал 1 марта 1930 г. в своем постановлении президиум Мособлисполкома, - названную церковь закрыть и здание ее после сфотографирования передать местному райисполкому под устройство столовой для колхоза, с предметами религиозного культа и прочим церковным имуществом поступить согласно постановлению ВЦИК и Совета Народных Комиссаров от 8.IV.1924г. «О религиозных объединениях». В случае жалобы верующих во ВЦИК (в двухнедельный срок со дня объявления им настоящего постановления) ликвидация церкви может быть произведена не ранее рассмотрения жалобы ВЦИКом».

В 1990 году, когда стали возвращать Церкви то, что не успели сломать (колокольня была утрачена в 1940 году), храм открыли. Службы возобновились в Великую Субботу 14 апреля — именно в Никольском приделе, созданном трудами и заботами двух подвижников — блаженного Ивана Степановича и святителя Филарета. Главный престол в храме — во имя святых мучеников Флора и Лавра, левый — во имя святых первоверховных апостолов Петра и Павла, правый посвящен святителю Николаю. Ныне в храме святых Флора и Лавра вновь совершаются богослужения.

-------------------------------------

В 19 веке при храме существовала женская община (богадельня), которая по благословению святителя Филарета Московского преобразовалась в Крестовоздвиженский женский монастырь.

В 2006 году в результате многолетней приходской жизни при храме сложилась сестринская община, члены которой по своим духовным устремлениям избрали иноческий путь.

В 2008 году при великом освящении храма сестричество благословил Его Высокопреосвященство Митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий.

Наряду с келейным иноческим правилом ежедневно читается Псалтирь и Акафист ко Пресвятой Богородице «Неупиваемая Чаша» а также Псалтирь о здравии и упокоении, покаянные каноны о совершивших грех детоубийства. Ежемесячно проводится чин покаяния в грехе детоубийства.