Село Дубна известно еще по писцовым книгам 1627-1628 гг. как деревня Малые Дубенки.
В марте 1704 г. владелец села — стольник Василий Иванович Карачаров построил деревянную церковь в честь Владимирской иконы Божией Матери. В 1706 г. ее освятили.
В 1810 г. рядом с деревянной церковью возвели каменную в честь Владимирской иконы Божией Матери на средства владельцев села Акимовых. Храм освятили в 1815 г. У входной двери в церковь сохранились две небольшие белокаменные храмозданные плиты.
Деревянная церковь приделов не имела. Новая же каменная церковь была построена с приделом в честь Сретения Господня, в котором проводились богослужения в холодное время года.

Последним владельцем усадьбы с 1890 г. и до октября 1917 г. был профессор медицины, ректор Московского университета (к тому времени уже бывший), действительный статский советник Д.Н.Зернов. При нем выстроили земское училище и отремонтировали церковь. В эти годы население усадьбы превышало 200 человек.

В 1936 г. церковь закрыли, и она стала быстро разрушаться. В ней устроили склад, деревенский клуб, а также сельское общежитие. Росписи церковных стен тщательно закрашивали и счищали. Были сожжены иконостас и все иконы, свалены кресты с куполами, а храмовые колокола переплавили на венюковском заводе.

В 1992 г. церковь передали верующим и началось ее восстановление. Сейчас опять высятся кресты и маковки над храмом, вновь украшают иконостас и стены иконы святых угодников Божиих, вновь звучат молитвы.