Прохорово в начале XVII столетия называлось пустошь Захаркова на речке Рожае. Свое теперешнее название оно получило по имени владельца Прохора Федоровича Данилова. С 1687 г. село Спасское, Прохорово тож, отказано стольнику Сергею Ивановичу Милославскому. В селе стояла деревянная церковь во имя Всемилостивого Спаса.
В декабре 1720 г. на средства С.И.Милославского построили новую деревянную церковь.
С середины XVIII в. вплоть до революции 1917 г. село Спасское-Прохорово с деревнями оставалось родовым подмосковным гнездом князей Трубецких. Они построили каменный однопрестольный храм тоже во имя Спаса Нерукотворенного Образа, без колокольни.

В 1848 г. на новом месте начали постройку новой каменной церкви с колокольней. Главный престол оставался во имя Спаса Нерукотворенного Образа. В нижнем (теплом) храме устроили предел во имя великомученика Георгия Победоносца, небесного покровителя владельца имения, князя Юрия Ивановича Трубецкого. Для писания икон или картин на религиозные темы был обучен крепостной художник Федор Иванович Ковалев, которому помещик обещал в 1845 г., «если он получит серебряную медаль или звание свободного художника, дать свободу».

После октября 1917 г. усадьбу национализировали и передали в отдел совхозов Московского губернского земельного отдела.

В 1922 г. из храма вывезли более 4 пудов серебряной утвари.

В1937 г. церковь закрыли, настоятель священник Евгений Михайловский был арестован и расстрелян на Бутовском полигоне. Оставшаяся утварь разграблена. Уникальный 101-пудовый колокол разбили на колокольне, так как он не проходил в проем. Еще ранее осквернили останки храмоздателей.

К лету 1989 г. в верхней части церкви царила разруха. В нижней церкви располагался склад овощей.

Богослужение возобновлено на праздник Успения Божией Матери в 1989 г.

Проведен комплекс ремонтно-восстановительных работ, воссозданы полностью утраченные переход между колокольней и храмом и северное крыльцо, приобретены новые колокола, начаты работы по восстановлению внутреннего убранства.

Приходской совет Спасского храма является заказчиком разработки охранных зон выдающегося памятника садово-паркового искусства XVIII-XIX вв. — усадьбы князей Трубецких.