В 1800-х гг. местный крестьянин обрел на дереве у лесного колодца чудесно явленную Казанскую икону Божией Матери. На этом месте поставили деревянную часовню, куда ежегодно совершались крестные ходы. Чудесное обретение иконы в селе Колычево явилось указанием для основания здесь монастыря. Обитель строилась в течение 35 лет. Ее основателем и духовником стал иеросхимонах Макарий, прибывший в Колычево в 1864 г. из Коломенского Бобренева монастыря и приобретший на средства своих благодарных почитателей старое дворянское имение и землю.

Вскоре вокруг него образовалась и община из молодых девушек, во главе которой встала Мария Памфиловна Степанова, ставшая впоследствии первой игуменией обители. 25 мая 1875 г. стало днем основания общины, а в декабре 1885 г. она была преобразована в монастырь.

14 июня 1881 г. был заложен главный собор будущего монастыря — Казанский, с левым приделом во имя святителей Николая и Митрофана Воронежского, правым — в честь Успения Божией Матери. Завершение постройки и освящение произошло в 1888 г.

В 1897 г. заложили еще один каменный храм — в честь Преображения Господня, с пристроенным к нему большим келейным корпусом. К тому времени насельниц монастыря стало уже более 100.

Вскоре после 1917 г. в обители учредили дома инвалидов и престарелых. Пожилые монахини стали первыми его жительницами, остальные были отправлены в ссылку в Казахстан, где приняли на себя подвиг мученической кончины.

В 1928-1929 годах со всех церковных сооружений монастыря поснимали купола с крестами, а в 1934 году здесь была полностью прекращена всякая религиозная деятельность.

С 1960-х гг. и по сей день в Колычевском Казанском женском монастыре — психоневрологический интернат.

В 1999 г. община начала ходатайствовать о передаче главного собора монастыря Церкви. Достигнута договоренность о передаче в пользование надвратного храма колокольни и трех келейных комнат. Начались реставрационные работы.

В 2002 г. была совершена первая Литургия в надвратном храме во имя святителя Ювеналия, Патриарха Иерусалимского. С этого момента службы в монастыре стали проходить регулярно.

В настоящее время монастырю принадлежат два храма – Казанской иконы Пресвятой Богородицы, и надвратный храм (колокольня) в честь святителя Иувеналия, патриарха Иерусалимского, причем последний храм отдан не полностью – два нижних этажа занимают административные помещения психоневрологического интерната. Спасопреображенская церковь не передана церкви и используется под жильё. За десятилетия поругания и запустения эти храмы пришли в плачевное состояние. И хотя очень многое сделано с тех пор, как в 1999 году началось восстановление обители, очень многое еще предстоит сделать. Сегодня монастырь остро нуждается в материальной помощи, без которой продолжать реставрационные работы попросту невозможно.