В 1886 году в Клину было построено новое здание тюрьмы, в котором находилась домовая церковь в честь Святителя Тихона, епископа Воронежского и Задонского. Отдельное здание тюремного храма было построено в 1907. В исторических справках есть запись о том, что храм был заложен в честь избавления Его Императорского Величества Николая II от опасности в Японии.

Храм был причислен к центральному Троицкому Собору города Клина.

В конце 20-х годов храм был разрушен и осквернен. Бывшее здание тюрьмы было отдано под жилой дом, позже, в 60-х годах его приспособили под склад. В таком состоянии, в конце 1989 года, оба здания были возвращены Православной Церкви.

Группа прихожан- энтузиастов, во главе с настоятелем храма протоиереем Анатолием Фроловым, самоотверженно трудилась над восстановлением храма из руин.

17 января 1990 года было совершено его первое освящение. Он стал первым в мире храмом, освященным в честь исповедника XX века Патриарха Тихона.