Название Шарапова в грамоте 1328 года селом дает основание предполагать, что в то время здесь была уже церковь, но документальных сведений о ней не встречается до 1562 года. Упоминание о храме Архангела Михаила сохранилось в писцовых книгах Троицкой лавры за 1627-1631 годы. Существование в Шарапове церкви в течение следующего столетия до 1724 года подтверждается записями в переписных книгах Лавры.

В 1778 году построена каменная церковь с приделом в честь иконы Божией Матери "Всех скорбящих радость". В 1820-х годах трапезная часть перестроена и устроен второй придел в честь святого пророка Божия Илии. Приделы освящены по благословению преосвященного Парфения, епископа Владимирского и Суздальского. В 1848 году храм разобран.

В 1848-1854 годах построена новая каменная пятиглавая церковь Михаила Архангела. 28 сентября 1854 года церковь освящена. В 1860-1867 годах пристроена трапезная с приделами Скорбященским и Ильинским, построена колокольня.

В 1930-е годы церковь закрыли. В доме причта расположился сельсовет. Колокольня разрушена. Здание храма использовалось под склад и зернохранилище. В 1980-е годы церковь заброшена.

В 2000 году церковь возвращена верующим.