Село Хомяково расположилось возле речки с забавным названием Населенка. В писцовых Переславских книгах 1629 года "на пустоши Пречистенской, Хомяково тож" показана церковная земля. Известно, что в Смутное время село и храм сожжены.

В 1710 году стольник Леонтий Ильин, сын Тихменев, выстроил на этой пустоши дом. При постройке дома открыты были следы старинного кладбища, свидетельствовавшего о существовании на этом месте церкви. Тогда вотчинник решил построить на этом месте новую церковь: в 1716 году она уже была освящена в честь Казанской иконы Божией Матери. В 1747 году церковь вновь сгорела и вместо нее сыном бывшего храмоздателя построена новая. В 1796 году вместо деревянной церкви по благословению Преосвященного Виктора, епископа Суздальского и Владимирского, на средства Никиты Артамоновича Тихменева началось строительство каменного храма с колокольней, освящение состоялось в 1803-05 году. Престолов в нем два: центральный (летний) - в честь Казанской иконы Божией Матери и в приделе теплом - во имя святителя Николая Чудотворца. В 1848 году рядом с церковью устроили часовню для отпевания усопших. В селе Хомяково также была школа грамоты.
В 1937 году церковь была закрыта. Последний настоятель священник Иван Садиков арестован 19 ноября 1937 года и расстрелян 27 ноября.
Сведения о событиях, произошедших после переворота 1917 года, приходится собирать по крупицам. В 90-х годах в Хомяково оставались лишь 4 человека из старожилов.

После 1917 г. последний помещик из рода Тихменёвых был вынужден со своей семьей бежать в неизвестном направлении. В храме служил в 20-е годы священник Александр, оставшийся в памяти прихожан, благодаря сохранившемуся стихотворению, написанному им для певчих хора. В конце 20-х годов он, опасаясь гонений, уехал из села. После него служил священник Николай Бронзов, скончался в 30-е годы, погребен на церковном кладбище. В текущем году в одном из номеров МЦВ было опубликовано интервью с неким Садыковым, который в свое время учился в хомяковском интернате, позже уверовал и стал прихожанином Лавры; ныне он странник, обходящий с молитвой Сибирь и Дальний Восток. Он сообщил, между прочим, что в 50-е годы обнаружил место погребения отца Николая, и водрузил на его могиле простой крест. В начале 30-х власти закрыли храм. Тогда в Хомяково проживал священник Иоанн, который продолжил церковное служение в селе. В 1938 году он был арестован в числе других подвижников, расстрелян и погребен в общей могиле в Бутово.

Вскоре храм и окружающие постройки стали растаскиваться на личные нужды. В 40-е годы здание использовалось под склад, но с 50-х годов было предоставлено стихиям. В конце 70-х годов усадьба была подожжена и уничтожена. А часовенка была переделана в обычный домик, где в советские годы находился медпункт. Мраморный надгробный камень над могилой последнего представителя рода Тихменёвых, умершего до революции, восстановили в наше время.

В 1990 году церковное здание было передано вновь образованной православной общине. Порушенное здание не имело ни окон, ни дверей, в центральной части осыпался купол, от трапезной части оставались руины, колокольня покосилась и грозила в любой момент рухнуть на землю, иногда с нее слетали огромные куски белого камня. В храме не осталось ни образца росписи, ни убранства - напротив, огромное количество мусора. Вскоре возобновилась молитва и закипела работа.
В 1991 году настоятелем храма был назначен священник Лев Шихляров. На его плечи и легли все основные тяготы, связанные с восстановлением храма и приходской жизни. В числе первых благотворителей храма был С. Е. Донцов, тогда начальник правового управления мэрии Москвы. Среди инициаторов восстановления - первая староста храма Т. А. Агатеева, казначей Л. Н. Архарова. Свою лепту в реставрацию храма внесли многие простые жители, часто сами малоимущие. Тем не менее, в первой половине 90-х годов средств совершенно не хватало, и процесс восстановления шел крайне медленно.

В октябре 1994 г. храм посетил Высокопреосвященнейший Ювеналий, Митрополит Крутицкий и Коломенский, который совершил Божественную литургию в сослужении благочинного протоиерея Иакова Лопуховича и настоятеля храма при большом стечении народа. Радость от приезда Владыки в храм Казанской иконы Богородицы, тогда еще холодный и полуразрушенный, его святительское благословение и проповедь вдохновили всех молившихся, укрепили надежду на возрождение.

Со временем Господь привел в храм несколько человек, которые помогли серьезно ускорить возрождение храма. Это директор Московской фирмы по производству сопутствующих товаров для авиапассажиров "Аэроприма" Ю. В. Алания, генеральный директор адвокатской фирмы "Академюрцентр" А.Г. Григорьянц, директор строительной фирмы "Ирма" И.А. Жильцова, директор фирмы "Новые окна" В.В. Евстафьев и другие.

К 2001 г. храм был практически восстановлен, хотя впереди множество дальнейших работ по росписи и внутреннему убранству, обустройству территории, строительство дома для священника и паломников.
Четыре раза в году - на Рождество Христово, Пасху, обе "Казанские" - после Литургии совершается общая трапеза для всех молящихся. По просьбе жителей пос. "Загорские дали" неоднократно в праздник "Казанской" иконы 21 июля проводился крестный ход вокруг поселка. 2 августа 2002 г. был совершен 20-ти километровый крестный ход от храма села Хомяково к церкви святого пророка Ильи в Сергиевом Посаде, где хранится "Казанская" икона, перевезенная туда из Хомяково во время разорения храма. В храме также есть почитаемые святыни, среди которых старинная икона Пресвятой Богородицы "Казанская", исконно храмовая, и современная икона преп. Серафима Саровского, время от времени источающая елей.

В 1996 г. храму были переданы небольшой лесопарк и два пруда, которые планируется привести в порядок.