Пустошь Махра при реке Дубна была подарена в Троице-Сергиев монастырь братьями Ловчиковыми в 1572 году. Монастырь поселил на пустоши крестьян. В 1593 году в селе Махра существовало две церкви: церковь Рождества Пресвятой Богородицы с приделом во имя святителя Николая и церковь во имя великомученика Георгия Победоносца. Но в 1678 году в Махре осталась только одна церковь Рождества Пресвятой Богородицы. С 1764 года село с деревнями перешло в Ведомство экономии. Вместо деревянной церкви в 1814 году началось строительство каменной существующей и сейчас. Из-за нехватки средств стройка продолжалась 12 лет. Новый каменный храм был освящен в 1826 году. Храм имеет три престола: в холодной части - в честь Рождества Пресвятой Богородицы, а в теплой трапезе - в честь Живоначальной Троицы и святого пророка Илии. В 1887 году в церковном доме была открыта приходская школа. Ее заведующим и законоучителем был священник Михаил Горский, учителем - выпускник семинарии Феодор Сиротинский, учительницей - Александра Лебедева, окончившая курс в епархиальном женском училище. После смерти священника Михаила место законоучителя занял его сын - священник Николай Горский.

Известно, что все дети-сироты села находились на иждивении храма. До 1936 года в храме служил игумен Аполлоний (Хлебников), в 1937 году он был расстрелян на полигоне в Бутово. Храм был закрыт в 1941 году. Его разорение началось с 1943 года. Позже, во время строительства поселка ГАЭС, в храме была устроена мастерская по ремонту автомобилей.
В начале 90-х годов храм возвращен Русской Православной Церкви. Первый молебен был отслужен в ноябре 1990 года, а первая Литургия совершена на Вербное воскресение в 1991 году. Сразу начались реставрационные работы. В настоящее время восстановлена колокольня, подняты кресты на главы храма и колокольни. К восстановлению внутреннего убранства приложено много труда прихожан и благотворителей поселка ГАЭС. Уже закончена холодная часть храма, пол выложен мрамором, завершили убранство теплого храма, написаны иконы для двух иконостасов, церковный двор обнесен металлической оградой. Настоятель церкви - протоиерей Василий Кислянка.