Исторические сведения о церкви в селе Бужаниново начинаются вместе с историей самого села. В раздельной записи братьев Зворыкиных 1543 года упомянута и церковь "Никола Чудотворец да предел Иван Святый, списатель листовицы". При церкви поп Лаврентий Романов. Надо полагать, что во время нашествия поляков деревянная церковь была разрушена и построена снова, т.к. с 1627 года в писцовых книгах придела святого Иоанна Лествичника уже не значится. В переписных книгах 1678 года при Никольской церкви священник Михаил Иванов и дьячок Митька Федосеев. В 1719 году Андреян Михайлов, дьячок Иван Дмитриев, пономарь Григорий Евдокимов, кроме них сверхштатный дьякон Василий Андреев.

В 1734 году в Бужаниново вместо обветшавшей построена новая деревянная церковь. Ее освятил в честь Николая Чудотворца архимандрит Варлаам, настоятель Троице-Сергиева монастыря. Рядом в 1758 году построена деревянная тёплая Богоявленская церковь.

В 1827 году на средства прихожан начата постройка каменной церкви. В 1830 году церковь освящена. Главный престол в честь святителя Николая Чудотворца, придельный престол в честь Богоявления Господня. В 1840-х годах на месте разобранной Богоявленской церкви построена часовня (не сохранилась).

В 1940 году церковь закрыта. Колокольня разрушена. В здании храма размещался склад совхоза Труд.

В октябре 1990 года разрушенное церковное здание передано общине верующих села Бужаниново и прилегающих деревень. Освящение главного престола 10 мая 1998 года совершил Высокопреосвященнейший Григорий, архиепископ Можайский.