Село на реке Молокче и церковь святителя Николая в нем существовали с глубокой древности. По преданию, чудотворная икона святителя явилась на одном из сенных стогов. Когда нашедший ее крестьянин хотел унести ее в ближний храм, был ему голос с неба: "Не смей уносить! Здесь строй церковь!" Оттого и село получило свое название Стогово.
В начале XVII века Стогово - дворцовое село, в нем находилась деревянная церковь. В 1803 году на средства местного помещика князя Щербатова и уроженца села митрополита Новгородского и Санкт-Петербургского Амвросия (Подобедова) построена каменная церковь святителя Николая с приделом святителя Амвросия Медиоланского. Митрополит Амвросий, сын священника села Стогова, окончил Троицкую семинарию, был префектом, затем ректором Московской Духовной Академии. Он написал "Руководство к чтению Священного Писания Ветхого и Нового Завета", был епископом Крутицким, архиепископом Казанским, Санкт-Петербургским, Эстляндским и Выборгским, с 1801 г. митрополитом Новгородским и Санкт-Петербургским.

В храме долго сохранялась очень древняя, чудом явленная, икона святителя Николая, украшенная золотым наперсным крестом с алмазами, переданным в церковь по завещанию митрополита Амвросия. Этот крест был прислан в 1816 г. Константинопольским патриархом Поликарпом. Позже, вероятно в безбожные годы, святыня была утрачена.
При храме в 1888 г. была приходская школа. Настоятель храма иеромонах Иероним (Иван Васильевич Киселев) был арестован 26 января 1938г. и в феврале того же года расстрелян на Бутовском полигоне. Храм был закрыт и взорван, сохранилась только трапезная часть. В 1977 году на памятник архитектуры был составлен паспорт научного учета.

В 1996 году руины храма возвращены верующим. В настоящее время трудами настоятеля священника Вячеслава Брегеды сделано перекрытие крыши, заменен пол в храме, устроен придел в честь святителя Амвросия Медиоланского и алтарь в трапезной части храма. Богослужение совершается регулярно в воскресные и праздничные дни.
Церковь расположена на землях населенного пункта Малинники, поскольку село Стогово было ликвидировано в 1988 году. От Малинников ведет проселочная дорога к источнику преподобного Сергия Радонежского у д. Взглядово (водопад Гремячий Ключ). Когда Божий избранник решился оставить Троицкую обитель, по дороге в Киржач он со своим учеником преподобным Романом останавливался на этом месте. Тогда же по молитве преподобного Сергия на склоне горы забил святой источник. Другой чудотворный источник находится в 100 метрах от Никольской церкви, о нем мало кто знает. А те, кто знают, приходят почерпнуть святой водицы.

Настоятель храма отец Вячеслав несет свои пастырские труды и в Алексеевской церкви г. Хотьково. До своего настоятельства в с. Стогово он взял на себя и нелегкий труд - окормление больных Психиатрической больницы №5 в Абрамцево. В одном из больничных корпусов его заботой и трудами была устроена молельня с алтарем, которую наименовали в честь великомученика и целителя Пантелеимона. В этом церковном помещении еженедельно уже около 10 лет в среду утром для больных совершается водосвятный молебен с акафистом великомученику, а в пятницу - Божественная Литургия. Положительные результаты духовного окормления заставили задуматься о постройке на больничной территории больничной церкви. В настоящее время с главным врачом ведутся переговоры.