Село Слотино располагается на древнем, хотя к настоящему времени потерявшем свое значение тракте, соединявшем Троице-Сергиев монастырь с Александровой слободой, в двадцати верстах от обоих поселений. Такое расположение предопределило значение села, здесь был построен путевой дворец русских государей. Первое упоминание о селе восходит к 1451 году. Не позднее начала XVII века в селе была выстроена деревянная церковь во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова. В 1822 году на месте деревянной церкви возвели каменный храм с одноименным названием и с двумя приделами: южным - в честь Казанской иконы Божией Матери, северным - во имя преподобного Сергия Радонежского. Село посетила и императрица Екатерина II, которая отличила церковь установкой на купольном кресте короны.

Первым известным священником церкви был Яков Иванов Богословский, который в 1799 году сообщал в Переяславское Духовное Правление, что "в селе Слотино из давних лет существует беспридельная деревянная церковь во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова с деревянною же колокольнею". При этом же священнике был построен каменный храм. В документах того времени настоятель церкви именовался благочинным, при котором в штате был дьякон, дьячок и пономарь. Священник Иаков служил в церкви до 1840 года. В 1850 году в село был назначен священник Михаил Эдемский, прослуживший здесь до 1891 года. После него был поставлен отец Николай Воскресенский - последний дореволюционный настоятель храма. В начале 30-х годов ХХ века в округе началась коллективизация, а вместе с ней и волна арестов кулаков, подкулачников и духовенства. Отец Николай был предупрежден о грядущей опасности и в 1933 году был вынужден уехать из села в г. Сергиев Посад, где вскоре и умер. Церковь закрыли, сбросили колокола, кирпич ограды использовали для нужд местного колхоза, однако церковь осталась неразграбленной.

Во время Великой Отечественной войны храм был вновь открыт, и настоятелем был назначен священник Иоанн Михайлович (фамилия его не сохранилась в памяти старожилов). Прослужил он в церкви до начала 50-х годов, после чего на его место пришел протоиерей Петр Михайлович Липягов. Последним настоятелем был молодой священник, но имени его никто не помнит: он прослужил в храме всего несколько месяцев, после чего церковь была закрыта окончательно. Случилось это в 1961г.
Перед закрытием церкви специалисты Загорского историко-художественного музея-заповедника обследовали ее и отобрали в фонды музея часть утвари и наиболее ценные иконы, в том числе аналойный образ покровителя храма святого апостола Иоанна Богослова XVII века. Благодаря этому отобранные в коллекцию музея иконы и культовые предметы были сохранены до настоящего времени. Остальное по закрытии храма было частично растащено, частично свезено в большую кучу и сожжено в близлежащем карьере. Здание церкви было передано местному совхозу и превращено в складское помещение, где хранили зерно и сенную муку.

Склад горел неоднократно. Последний, самый большой пожар, уничтоживший всю трапезную зимнюю часть, произошел в 1986г., после чего церковь за ненадобностью была брошена и стала постепенно разрушаться. В 1992г. усердием местных жителей она была вновь открыта. Трудами настоятелей протоиерея Сергия Мельникаса, иерея Сергия Дидковского и прихожан уже более 10 лет ведутся реставрационные работы. Богослужение совершается по воскресным и праздничным дням. На дороге в храм стоит святой источник в честь святого Пророка, Предтечи и Креститетеля Иоанна. Ежегодно в день святого Богоявления здесь совершается великое освящение воды.