Церковь Николая Чудотворца в Пружках построена по проекту архитектора Зборжевского в 1881—1883 годах вместо сгоревшей деревянной церкви. Службы в ней начались в 1886 году. В 1924 году был сделан ремонт крыши и колокольни.

В 1929 году храм закрыли. С 1930-х годов в здание церкви размещались разные предприятия и организации. С 1959 года храм был заброшен, стал разрушаться.

Община вновь была зарегистрирована в 1990 году, церковь возвращена верующим.