В 1628 году на этом месте стоял деревянный храм Святителя Николая.

В 1755-1767 годах на средства прихожан построен новый каменный храм во имя Богоявления с приделом Святителя Николая. В 1822—1824 годах к храму пристроена большая трапезная с приделами: справа Покрова Пресвятой Богородицы, слева святителя и чудотворца Николая, построена двухъярусная колокольня и каменная часовня с помещением для сторожей. С 1830-х годов и до конца века основным благотворителем храма был местный промышленник Анисим Елагин и его дети, в основном при их поддержке осуществлено расширение храма, роспись, построена ограда. Другими значительными благотворителями была семья фабриканта Шибаева. В 1853 году по прошению прихожан митрополит Московский и Коломенский Иннокентий на месте храма разрешил построить новый, более просторный собор.

Новый собор освещен 5 сентября 1876 года при настоятеле Димитрии Иерапольском. В 1885-1886 годах колокольня надстроена третьим звонным ярусом. В 1890 году на колокольню поднят колокол весом 1250 пудов (20 тонн) самый крупный в уездных городах России. В 1891 году в молебне о долголетии царского дома участвовали гости города князь Сергей Александрович с супругой, новомученицей Елизаветой Фёдоровной. В 1902 году собор был расширен по проекту Николая Струкова.

С 1918 года настоятелем собора стал Николай Александрович Сперанский, в 1933 году был арестован первый раз, 21 августа 1937 года повторно, 13 октября расстрелян на Бутовском полигоне. В 1921-1925 году был Кафедральным собором епископов Богородских (единоверческих), викариев Московской епархии Никанора (Кудрявцева) и Платона (Руднева). В 1923-1925 году на клиросе в архиерейском хоре пел будущий патриарх Пимен. В 1924-1925 годах проведён ремонт. Во второй половине 1920-х годов с колокольни сброшены все 13 колоколов. Осенью 1937 года был арестован весь церковный совет собора и новый настоятель Сергий Зернов, чуть позже был арестован и расстрелян сменивший его священномученик Сергий Константинович Махаев, среди арестованных был и мученик Николай Андреев служивший в храме с 1917 года, в декабре его расстреляли.

В 1938 году храм закрыт. Здание храма занято производством (сапоговаляльное и красильня), газораздаточная станция.

В 1989 году собор освящен, возобновлены службы и начато постепенное восстановление храма.

С 1989 до 1997 года настоятелем храма был архимандрит Адриан (Старина), перешедший в 1993 году в лоно Украинской православной церкви Киевского патриархата, религиозная община которой и сейчас существует в Ногинске. В ноябре 1997 года Адриан Русской православной церковью лишён сана, храм возвращён Русской православной церкви.

------------------------------

Храм-часовня Тихвинской иконы Божией Матери построена рядом с Богоявленским собором в 1829-1830 годах.