Издревле на месте монастыря находился православный Свято-Пречистснский собор. Вначале он был деревянным, но в конце XII в. стены были уже каменными. С введением унии храм был обращен и униатскую церковь.
В 1633 г. при Пречистенской церкви врсменно поместились 4 монахини ко главе с Василисой Сапегой, прибывшей из города Вильно. В 1642 г. униатский митрополит Антоний Селява распорядился передать базилианкам на вечные времена территорию к западу от Пречистенской церкви вплоть до Королевского замка. В том же, 1647 г. страшный пожар уничтожил Пречистенскую церковь. Пожар 1654 г. разрушил ее окончательно. Позднее базилианки построили здесь храм Рождества Богородицы и жилые помещения. В 1720 г. после пожара на новоприобретенном плацу стали строить церковь в честь Рождества Пресвятой Богородицы и другие монастырские здания. В 1728 г в очередном городском пожаре деревянная церковь Рождества Богородицы сгорела. Строительство новой церкви и монастырских келий было завершено лишь к 1751 г.
В 1843 г. женский базилианский монастырь был преобразован в православный Рождество-Богородичный 2-го кл. женский монастырь. Из Оршанского православного монастыря приехали игумена Афанасия, 6 монахинь и 4 послушницы.
Осенью 1864 г. здесь был устроен приют для воспитания дочерей бедных чиновников и сирот лиц духовного ведомства. В 1866 г. была построена церковь в честь преподобного Сергия Радонежского. Вскоре после этого знаменательного события обитель посетил Император Александр II. 7/20 окт. 1877 г. в обители совершилось чудо обильного мироточения Владимирской иконы Божией матери, которое продолжалось полгода. Это миро было собрано в особый ковчежец в виде креста, который и доселе находится при иконе. Благодаря своим чудотворным свойствам она стала одной из главных святынь обители.
25 июля 1900 г. по определению Священного Синода монастырь был перенесен в урочище Красносток, в 28 верстах от Гродно, где имелись великолепный храм (устроенный в 1867 г. во имя святого апостола Иоанна Богослова) и помещения бывшего Доминиканского монастыря, закрытого в 1866 г. 6 сентября 1901 г. началось торжественное перенесение Рождество-Богородичного женского монастыря на новое место. Впереди торжественной процессии несли фонари, кресты и хоругви, за ними - Владимирский чудотворный образ Божией матери на руках 4 инокинь с двумя хоругвями и двумя рипидами по сторонам в предшествии 2 диаконов с кадилами.
С этого времени Рождество-Богородичный монастырь в Красностоке стал основным, а Гродненская обитель обрела статус приписной. Кроме этого у монастыря имелись подворья в Петербурге и Дрогичине.
Во время Первой мировой войны Красностокский женский монастырь был эвакуирован в Москву. Сестры увезли с собой и 2 чудотворные иконы Красностокские и Владимирскую-Мироточивую. Красностокская древняя икона из Москвы попала в Петроград в храм Красностокского подворья и лишь в 1954 г. вернулась в храм Гродненского женского монастыря. Вторая Красностокская икона с 1931 г. и до сих пор находится в подмосковном храме в село Ермолино.
После революции в 1918 г. монахиням из Красностока был передан бывший мужской монастырь под Москвой - Екатерининская пустынь. В Красностокском монастыре польская власть уже поселила католических монахов. Гродненская обитель продолжала существовать как подворье, однако оно оказалось на территории Польши. Группа сестер (21 человек) возвратилась на подворье своего монастыря, привезя с собой чудотворную Владимирскую икону.
В 1927 г. была восстановлена монастырская церковь, сгоревшая от пожара в 1914 г. В 1953 г. на территории монастыря был построен жилой дом, где было поселено девять монахинь. В 1959 г. в монастыре проживало 58 человек, в их числе - 3 игумснии, 25 монахинь, 27 инокинь и 3 послушницы.
Размеренная монастырская жизнь в 1960 г. была насильственно прервана: второй раз за время своего существования монастырь вынужден был покинуть Гродно и на долгие годы переселиться в Жировицы.
Чудотворные иконы Божией Матери поставили в Богоявленском храме также, как они стояли и в Гродно: справа - Владимирская икона Божией Матери, слева - Красностокская икона Божией Матери. В алтаре на Горнем месте - Казанская икона Божией Матери.
В 1992 г. Гродненский Свято-Рождество-Богородичный женский монастырь начал новый этап своего существования. 1 июля 1992 г., в день Боголюбской иконы Божией Матери, совершено первое богослужение в возвращённом православном монастыре. 20 сентября 1992 г., в канун Рождества Пресвятой Богородицы, вернулась в свой монастырь мироточивая чудотворная икона Владимирской Божией Матери.
14 янв. 1993 г. освящен зимний храм в честь преподобного Сергия Радонежского. Сотни людей, пришедших в этот день на Литургию, были свидетелями необычайного для зимнего времени появления радуги на небе в момент освящения храма. 1 июля 1993 г.. в день празднования Боголюбской иконы Божией Матери, был возвращен и главный храм в честь Рождества Пресвятой Богородицы.
В последующие годы были возвращены монастырские корпуса. Отремонтирован фасад главного храма, келейных корпусов, золотой крест венчает центральный купол, практически закончена роспись Рождество-Богородичного собора. Появились насельницы. Жизнь идет своим чередом.