К 16 веку в приходе две деревянных церкви Чуда Архангела Михаила в Хонех и Архистратига Михаила.

В 1700 году построена каменная церковь Михаила Архангела с приделом Трех Святителей на средства прихода. Храм перестраивался с постепенной заменой объемов предыдущего здания. Самая старая часть церкви колокольня второй половины 18 века (сохранился только нижний ярус). В 1806 году тщанием коломенских купцов Романа, Авксентия и Иакова Колесниковых перестроена (увеличена) трапезная, в ней устроены предельные престолы в честь Казанской иконы Божией Матери и во имя Трех святителей.

В 1820-1833 годах на средства купцов Колесниковых и Константиновых церковь перестроена. Главный престол в честь Собора Архистратига Михаила и прочих Небесных Сил бесплотных, в трапезной престолы в честь Казанской иконы Божией Матери и Трех Святителей, мучениц Веры, Надежды, Любови и матери их Софии. В 1906 году на средства церковного старосты и благотворителя Иоанна Постникова в трапезной устроен придел преподобного Серафима Саровского, освящен 18 июля 1906 года.

В 1930-е годы церковь закрыли, колокольня разрушена до первого яруса. В здании храма находился склад, позже контора. В 1936 году церковь передана Коломенскому краеведческому музею.

Церковь возвращена верующим. Освящена 21 ноября 2008 года.