Церковь Николы Гостиного - одна из древнейших в Коломенском кремле. Она построена в 1501 г. "замышлением коломенского гостя Василия Ивановича". Храм являлся патрональным для коломенского объединения (корпорации) купцов-гостей. Сохранилось напрестольное Евангелие 1509 г., написанное для храма по заказу священника Петра Никольского. К древнейшему периоду относится небольшой четверик с крестчатым сводом и граненой апсидой. В 1655 г. Антиохийский Патриарх Макарий остановился в Коломне и из-за моровой язвы жил здесь полгода, фактически исполняя обязанности коломенского архиерея. Храм Николы Гостинного упомянут в описании Коломны архидиаконом Павлом Алеппским, секретарем Антиохийского посольства.

Церковь перестраивалась. По сведениям 1843 г., храм имел каменное здание с колокольней с шестью колоколами; придел в честь иконы Божией Матери "Всех скорбящих Радость". В современных формах храм дошел после перестройки 1848 г. Помимо главного алтаря - во имя святителя Николая, здесь были устроены еще два придела: в честь икон Божией Матери "Всех скорбящих Радость" и "Знамение". В главном приделе находилась храмовая икона Николы Заразского. В трапезной части помещалась икона Божией Матери "Всех скорбящих Радость" и икона Божией Матери "Донская", но доска была старой, и, возможно, под записями скрывалось более древнее изображение. Кроме этих святынь, в церкви сохранился Синодик XIX в. и резное изображение Страждущего Спасителя в полтора аршина высотою.

Последним священником храма был отец Василий Радугин.

В начале 1930-х гг. в храме помещался пересыльный пункт.

До августа 2002 г. в здании находилась спортивная школа.

Первая Божественная литургия состоялась 28 августа 2002 г. в день Успения Пресвятой Богородицы.