История этой церкви восходит к 1374 году и упоминается при посещении этого места Сергием Радонежским.

Село Протопопово возникло, вероятно, не позднее XV века, на оживлённой Никольской дороге (ведущей к храму Николы Зарайского), у Рязанской переправы через Оку. Первоначально оно принадлежало причту Успенского кафедрального собора Коломны (отсюда название села - настоятель кафедрального собора носил сан протоиерея, или, как тогда говорили, протопопа). В XVI в. оно перешло в собственность Коломенского епископа. Здесь находился древний деревянный храм во имя Живоначальной Троицы.

Первый небольшой каменный храм с колокольней построен в 1805 году тщанием прапорщика П.В.Сельверстова, владельца соседнего села Щепотьева.

На его месте, на пожертвования семьи Летниковых, А. Салтыкова и других прихожан, построен новый краснокирпичный храм с белокаменной отделкой и шатровой колокольней. По отзывам современников, это был один из красивейших образцов неорусского храмового стиля в Коломенском уезде. Четыре боковые главы стояли не по углам четверика, а на середине каждой стены вокруг центральной главы. Кроме главного алтаря во имя Пресвятой Троицы, церковь имела еще два придела: в честь Святогорской иконы Божией Матери и во имя преподобного Андрея Критского.

Близ Протопопова находятся ломки известняка, так называемого "коломенского мрамора" из которого был облицован Храм Христа Спасителя.

В советские годы село Протопопово и деревня Бутырки были переименованы в посёлок имени Кирова. Троицкий храм был закрыт в 30-е годы. Настоятели храм протоиерей Виктор Смирнов, священник Иоанн Калабухов расстрелены. Иоанн Леонтьевич Летников, многолетний староста храма, умер 25 октября 1930 году, в ссылке в городе Архангельске. С 1904 по 1929 старостой Троицкой церкви был новомученик - Петр Троицкий (умер в 1930 году в ссылке). В 1940-е гг. храм Святой Живоначальной Троицы разрушили до основания. В 1970-е годы рядом с фундаментом проложили канализационный коллектор, идущий от нового микрорайона Колычёво. При этом пострадало и старое Протопоповское кладбище, расположенное на взгорке над Окой.

В 1997 году была воссоздана православная община. В 2001-2003 году, в центре бывшего посёлка, построили деревянный храм Сергия Радонежского. На месте разрушенной Троицкой церкви установлен памятный крест.

С 2005 года началось строительство и построена новая Свято-Троицкая церковь рядом с храмом Сергия Радонежского.

Посёлок вошёл в черту города Коломна. Три улицы носят название Кирова, пять Радонежская.

На берегу Оки, близ Девичьего поля, облагорожен родник Сергия Радонежского. До революции над родником стояла часовенка. На праздник Троицы от церкви шел к роднику крестный ход с иконой Сергия Радонежского.