История Высоковского мужского монастыря насчитывает чуть более 200 лет. Эта уединенная, расположенная в лесах обитель, на протяжении всего дореволюционного периода играла существенную роль в борьбе со старообрядческим расколом. Этот монастырь был первым единоверческим на территории Поволжья.

До 1922 года территория нынешнего Ковернинского района входила в состав Костромской губернии, поэтому Высоковский монастырь относился к одноименной епархии.

Монастырь был основан в 1784 году в царствование Императрицы Екатерины II. Основателем обители был некий монах Герасим (в мире — Григорий Иванов), по своему вероисповеданию вначале состоял в «Перемщанской» секте старообрядцев. Григорий, движимый любовью к пустынножительству, удалился от мира в старообрядческий Комаровский скит Семеновского уезда.

Прожив в скиту 10 лет, он, вместе с присоединившимся к нему сподвижником иноком Паисием удалился в неприступные места, недалеко от деревни Высоково. В 1784 году, по дозволению Костромской казенной палаты, сумел устроить в непроходимом лесу иноческие кельи. Сюда стали приходить и прятаться все новые и новые старообрядцы и, с разрешения властей, они построили деревянный дом. К 1800 году в Высоковском скиту насчитывалось до 50 насельников.

Убедившись в необходимости воссоединения с Православной Церковью, в 1801 году иноки обители обратились с прошением в Святейший Правительствующий Синод о введении единоверия в Высоковском скиту. Решение церковных и светских властей последовало лишь через несколько лет, и только в 1807 году в монастыре старым чином была освящена деревянная Успенская церковь. За 6 лет ожидания синодального решения братия монастыря обратили в единоверие более 500 старообрядцев из округи.

Первая каменная церковь была построена по личному повелению и на средства Императора Александра I. Она была освящена в 1827 году. В 1829 году Высоковская заштатная пустынь была преобразована в третьеклассный монастырь. К тому времени Герасим был возведен в сан архимандрита. По официальным сведениям в обители к тому времени насчитывалось до 70 насельников.

Сведений о жизни монастыря на протяжении второй половины XIX — начала XX века сохранилось немного. Известно, что количество насельников уменьшалось и достигло к 1888 году 19 человек вместе с настоятелем.

Высоковский монастырь официально просуществовал до 1919 года, когда был преобразован в единоверческий приход, действовавший до 1929 года. В 1979 году решением Горьковского облисполкома Успенский Высоковский монастырь был взят под государственную охрану, а в 1995 году ему был присвоен статус памятника федерального значения. Русской Православной Церкви монастырь был передан в 1999 году.

В 2002 году в монастыре была устроена первая — домовая церковь с момента возобновления — в келейном корпусе монастыря. В настоящее время в летний период богослужения проходят в храме в честь Трех Святителей, отремонтированном трудами и заботами благотворителей. В зимнее время богослужения по-прежнему совершаются в домовой церкви. Монастырь имеет подворье в честь св. Александра Невского в г. Балахне.

Несмотря на малочисленность, братия монастыря ведут социальную деятельность. При монастыре с целью социальной реабилитации проживают 3 человека. При Александро-Невском подворье действуют 2 воскресные школы — для детей и для взрослых, издается газета «Мир вашему дому».

В монастыре ведутся большие ремонтно-реставрационные работы. Все храмы и корпуса перекрыты оцинкованным железом, купола — медью, кресты покрыты нитридом титана.

Проведен полный цикл реставрационных работ на монастырской колокольне. Полностью отреставрирован зимний Никольский храм, продолжаются работы по ремонту храма в честь Трех Святителей. В игуменском корпусе полностью заменены межэтажные перекрытия, выполнена перепланировка помещений. На Успенском соборе заменена кровля, переложены кирпичные фронтоны, оштукатурены купола.