Монастырь расположен на левом берегу Волги недалеко от города Макарьева. Свое наименование обитель получила от урочища Желтые Воды, в котором она находится. По преданию, монастырь был основан в 1435 г. бывшим иноком Печерского Нижегородского монастыря преподобным Макарием, Желтоводским и Унженским чудотворцем. До этого им уже была основана пустынь в Костромском крае, откуда святой Макарий удалился на Желтые Воды. Такое имя носило и некогда бывшее здесь озеро (позже вошедшее в русло реки Волги), в котором, по преданию, подвижник крестил магометан и язычников. В этих местах он соорудил кельи и деревянную Троицкую церковь.

В 1439 г. обитель была разорена казанским царем Улу-Махметом и до 1624 г. находилась в запустении. Возобновил ее инок Тетюшского Казанского монастыря Авраамий по повелению преподобного Макария, троекратно явившегося ему во сне.

В XVII в. Макарьевский монастырь становится духовным и культурным центром Нижнего Поволжья. В 1641 г. получает официальный статус знаменитая на весь мир Макарьевская ярмарка. Ярмарка была приурочена к 25 июля / 7 августа - дню памяти преподобного Макария, ставшего покровителем волжской торговли. На средства от торговли и пожертвований состоятельных богомольцев начинается каменное строительство монастыря.

В XVII в. в обители подвизался послушник Никон - будущий Патриарх Московский и всея Руси.

В 1868 г. Желтоводская обитель была упразднена, но по ходатайству жителей города Макарьева была в 1882 г. восстановлена и обращена в женский монастырь.

В монастыре было выстроено 6 храмов: Троицкий собор (1664 г.), построенный по образцу Московского Успенского собора; во имя преподобного Макария Желтоводского (на фоне Троицкого собора, 1809 г.); надвратная церковь в

честь Архангела Михаила (1674 г.); Успенская церковь с трапезной и колокольней (1654 г.); во имя преподобного Григория Пельшемского (1786 г.) и келейный храм во имя преподобного Антония Великого. Вокруг обители были воздвигнуты крепостные стены и башни, а также ротонда на месте захоронения Авраамия.

При Желтоводском монастыре действовал сиротский приют.

Сейчас монастырь возрождается после долгих лет запустения трудами монахинь, послушниц и благочестивых мирян. В нем 30 сестер.

В Макарьевской обители хранится чудотворная икона преподобного Макария Желтоводского с частицей его мощей, представляющая собой копию такой же иконы, бывшей в Макарьевском Унженском монастыре.

Икона преподобного Макария, могилы убиенных во время набега татар иноков, похороненных за алтарем Троицкого собора, могила старца Авраамия, чудом сохранившиеся фрески и другие святыни утешают паломников, приходящих за благословением к преподобному Макарию.