Летописи свидетельствуют, что первым монахом-отшельником, избравшим Саровскую гору для подвижнической жизни, был пензенский монах Феодосий, пришедший на Старое городище в 1664 году.

Продолжателем его подвигов через два десятилетия стал молодой инок Арзамасского Введенского монастыря Исаакий, впоследствии в схиме Иоанн. Он обладал хорошими организаторскими и хозяйственными способностями, был начитан, красноречив и владел даром убеждения.

К 1700 году Иоанн сумел организовать совместное житие монахов, пожелавших остаться на Саровской горе. Первые монахи селились самостоятельно, и их поселение не имело какого-либо статуса.

К 1706 году Иоанн добивается Высочайшего разрешения императора Петра I и благословения местоблюстителя Патриаршего престола митрополита Стефана Яворского на устройство монастыря и на строительство церкви во имя Пресвятой Богородицы и Ее Живоносного Источника. В мае 1706 года началось строительство церкви, а уже 16 июня того же года первый храм Саровской Пустыни был освящен. Эта дата считается днем основания Саровского монастыря.

Деятельность отца Иоанна не ограничилась только внешним устройством Пустыни. Вместе с первой церковью возникает монашеское общежительное братство. Иоанн с единодушного согласия приступает к написанию устава Саровской обители по строгим древним образцам. Впоследствии этот устав послужит образцом для многих монастырей России. За несколько лет территория монастыря была обнесена оградой. После постройки первой церкви в обители поставлены еще два храма, трапезная и кельи для гостей. К 1711 году был готов пещерный город с подземной церковью.

В середине 50-х годов XIX века монастырь достиг своего экономического расцвета. Росло число братии, умножались доходы, укреплялись связи с внешним миром. Это была экономически сильная и самостоятельная обитель.

Саровский монастырь — памятник монастырского зодчества XVIII-XX веков. Строительство здесь велось в разные годы неравномерно, и потому особенностью архитектуры Сарова явилось сочетание различных стилей. Всего в монастыре было девять храмов.

Главной святыней и украшением Саровской Пустыни был Успенский собор — первое каменное здание Саровской Пустыни. Внешний его вид имел сходство с Киево-Печерским Успенским собором. Он был освящен в 1777 году, у его стен похоронены многие саровские настоятели. С юго-восточной стороны Успенского собора, у алтаря были погребены два знаменитых отшельника Саровской обители — преподобный Серафим Саровский и схимонах Марк-молчальник.

Первый храм обители — в честь Живоносного Источника перестраивался в 1752, а затем в 1846 годах. Храм отличался обширностью и обилием света, поражал искусной росписью стен, богатством утвари, драгоценным иконостасом. Главную ценность собора составляла особо чтимая и богато украшенная икона Пресвятой Богородицы и Ее Живоносного Источника.

Самое древнее сооружение в Сарове — это пещеры. Возникновение подземного города с улицами, кельями и подземной церковью относится к самым ранним годам Саровского монастыря. Подземная церковь во имя Киево-Печерских чудотворцев Антония и Феодосия была устроена в 1709 году, а освящена при содействии царевен Марии и Феодосии, сестер Петра I, именно они прислали для этого храма иконостас, священные сосуды, книги и пожертвования.

Последний храм обители был заложен в 1897 году, в первый раз освящен в 1903 году в честь преподобного Серафима Саровского.

В 1903 году в монастыре находилось 70 монахов и 240 послушников. Саровская Пустынь являлась общительным нештатным монастырем и находилась под управлением игумена.

Разорение монастыря началось в 1918 году, когда в Саров из уездного города Темникова впервые прибыл инструктор с правом учредить здесь коммуну. Монахи в свою очередь обратились с просьбой организовать в обители трудовую артель с уставом, напоминающим устав монастыря. Однако темниковский земельный отдел посчитал, что монахи по своей гражданской незрелости неспособны к самоуправлению и проявлению инициативы в ведении большого хозяйства на новых социалистических началах.

В сентябре 1918 года в обитель приехала первая опергруппа ОГПУ с требованием внести взнос в размере 300 тысяч рублей, а в ноябре на Саровскую Пустынь был наложен единовременный чрезвычайный налог в размере одного миллиона рублей. Вслед за этим началась кампания по вскрытию и ликвидации мощей православных святых. 17 ноября 1920 года по решению IX съезда Советов города Темникова комиссия вскрыла раку с мощами преподобного Серафима.

Хозяйство Саровского монастыря было разорено, святыни осквернены, мощи преподобного старца увезены в неизвестном направлении. В марте 1927 года было принято правительственное решение о ликвидации Саровского монастыря, оставшиеся имущество и строения были переданы в ведение Нижегородского управления НКВД.

С 1927 по 1931 гг. в Сарове действовала детская трудовая коммуна. После ее упразднения в поселке организуется исправительная трудовая колония для подростков и взрослых заключенных, которую ликвидировали в ноябре 1938 года.

Существовавшие в колониях мастерские перед войной были преобразованы в завод по производству снарядов. В конце 1942 года на заводе началась подготовка к выпуску новой продукции — комплектов деталей к снарядам М13 для реактивных минометов «Катюша».

Весной 1946 года принимается правительственное решение об устройстве на месте Саровского монастыря «объекта» по созданию первой советской атомной бомбы.

26 сентября 1989 года в Сарове впервые за 62 года запустения на Дальней Пустыньке был отслужен молебен преподобному Серафиму Саровскому.

Православный приход в Сарове был образован в 1990 г., хотя зарегистрировать его удалось только в 1991 г., уже после обретения мощей преподобного Серафима.

2 августа 1991 года в дни перенесения мощей преподобного в Дивеево город посетил Святейший Патриарх Алексий II. Святейший Патриарх освятил крест на месте Пустыньки, где подвизался преподобный, и памятник работы скульптора Клыкова.

14 июля 1992 года приходу г. Сарова был передан храм в честь Всех Святых — бывшая монастырская кладбищенская церковь.

В 1992, 1993, 1995, 1996, 2000, 2003 и 2006 годах Саров посещал Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II.

В 1999 году епархии был передан обезглавленный и перестроенный в советское время храм Иоанна Предтечи. К августу 2000 года на Дальней Пустыньке была воздвигнута и освящена часовня-алтарь с навесом для молящихся.

В ноябре 2002 года епархии был возвращен храм преподобного Серафима, который, после полного восстановления, был освящен Святейшим Патриархом Алексием в дни празднования 100-летия прославления преподобного Серафима Саровского в лике святых.

В 2006 году вся Полнота Православной Церкви торжественно отмечала 300-летие основания Свято-Успенской Саровской Пустыни. В преддверии праздника был полностью восстановлен и благоукрашен храм в честь Усекновения Главы Иоанна Предтечи, обустроен нижний храм в честь святого пророка Божия Илии, пещерный комплекс с церковью в честь преподобных Антония и Феодосия Печерских. На Ближней пустыньке преподобного Серафима была сооружена деревянная церковь во имя Святого Духа.

В преддверии празднования, на своем заседании 17 июля 2006 года Священный Синод Русской Православной Церкви, состоявшемся в Троице-Сергиевой Лавре, принял решение о возобновлении монашеской жизни в Саровской обители. Наместником обители был назначен иеромонах Варнава (Баранов).

С 29 по 31 июля возобновленная Саровская пустынь принимала Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и членов церковной делегации, прибывшей на празднование 300-летия обители.

26 декабря решением Священного Синода иеромонах Варнава (Баранов) возвратился к несению прежнего послушания — настоятельства во Флорищевой Пустыни. Исполняющим обязанности наместника Саровской Пустыни по благословению Святейшего Патриарха стал игумен Андроник (Могилатов).