Храм Св.Апостола и Евангелиста Иоанна Богослова устроен «тщанием помещика господина Ивана Родионовича Баташева» в ХVIII веке в центре заводского села Выкса «между слободами Верхнего и Среднего заводов, на пригорке, осеняемом берёзами и по скату его соснами». Освящен в честь Рождества Богородицы в 1799 году.
Устройство его связывают с расположенным здесь большим кладбищем (уничтожено в сер. ХХ века). Сейчас это место - пересечение двух главных улиц нашего города - Ленина (бывш.Верхнепрудная) и Красных зорь.

Это была второй каменный храм нашего города. Своего прихода он не имел, а был приписан к главному храму Выксы – Христорождественскому.

Вид храма отличался от современного: не было помещения трапезной, а объем одноярусной колокольни над западным входом примыкал непосредственно к основному храму.
Церковь была обнесена оградой. К западу от нее располагалось одноэтажное деревянное здание богадельни.

В таком виде храм существовал до середины XIX века.

ХIX век.

1857 год отмечен пристройкой трапезной, что было вызвано, видимо, желанием сделать храм более вместительным и переделкой колокольни. В результате церковь удлинилась в западном направлении. А колокольня была поставлена над новым западным входом: шарообразная главка заменяется на луковичную, а на фасадах ниже яруса звона появляются кокошники. В целом, после перестройки храм приобрел форму корабля. Позже с южной стороны был пристроен к входу каменный пристрой с двускатной крышей.

Закрытие.

В начале XX века, вплоть до своего закрытия в 1936 году, церковь оставалась кладбищенской . Решение Президиума Горьковского крайисполкома о ликвидации прихода датировано 15 сентября.
Поводом для ликвидации храма стал тот факт, что, по Генеральному плану города, через закрытое к тому времени кладбище проходила транспортная магистраль.

"Высвобожденное здание" предполагалось использовать под пионерский клуб. Но этому воспротивились прихожане. Они составили жалобу и направили ее с ходоками Сталину. По словам очевидцев, "тот, ознакомившись с прошением, был удивлен числом подписей и сказал, что весьма сожалеет, что до сих пор в наше время остается столько верующих людей"…
Храм закрыли, его имущество перенесли в Христорождественскую церковь, а здание в мае 1937 года было отдано под детский сад. На устройство клуба пионеров денег у властей не хватило...

Вот как описывает дальнейшие события современник:
"13 января два представителя местных властей отобрали ключи у председателя церковного совета. А 15 января сорвали купола, кресты и сбросили к ограде кладбища. Ушли, а церковь оставили открытой, не заперли. В храм вошли хулиганы и надругались над святыней, осквернили утварь».

Через некоторое время сюда пришли строители.

В результате нового "переоборудования" ярус звона колокольни был снесен. Все проемы утратили свои «готические очертания» и превратились в прямоугольные. Кроме того, были пробиты новые окна. Здание разделили на два этажа. Из внутреннего убранства сохранились лишь следы старой росписи внутри купола и чугунная винтовая лестница. Южный пристрой был снесен, зато появился другой, из силикатного кирпича, примыкающий к основному объему с севера.

Бывшее кладбище превратилась теперь в площадку для игр. К концу 1980-х годов от кладбища (а здесь захоронены сотни именитых граждан Выксы, в том числе и сам основатель заводов Иван Родионович Баташев) не осталось и следа. Старинное здание оказалось в центре современной застройки.

Возрождение храма.

В 1994 году церковь взята на государственную охрану как памятник архитектуры республиканского значения. А чуть позже - возвращена Нижегородской епархии.

В истории старинного храма наступила пора возрождения: в трапезной его части разместились классы и жилые комнаты духовного училища, в другой - собственно храм.

10 июля 1996 года управляющим Нижегородской епархией Митрополитом Николаем (Кутеповым) был освящен престол церкви в честь Апостола и Евангелиста Иоанна Богослова и отслужена первая литургия..
Для нужд ВДУ вдоль северного фасада церкви устроен еще один силикатный пристрой. Над куполом ротонды вновь появилась главка луковичной формы. Заново выбит южный вход. Напротив него построены две каменные церковные лавки. Они соединены крышей и образуют собой символическую арку - вход во двор храма.
В октябре 2000 года духовное училище переезжает в здание ПТУ-3 - бывшую Дворянскую гостиницу Иверского Выксунского женского монастыря.

С этого времени в храме Иоанна Богослова начался второй этап реставрационных работ. Его цель - придать храму первозданный вид.
До декабря 2000 г. были снесены все промежуточные стены и полы между этажами, а также выбита арка, которая шла из трапезной в притвор.
2 апреля 2001 года распоряжением управляющего епархией был назначен первый после восстановления храма настоятель - священник Димитрий Колоколов.

Храм постепенно начинает приобретать свой прежний вид. Воссоздана форма окон. Все фрески, которые когда-то вытравливались кислотой, реставрируются.