Новгородское зодчество первой половины - середины XVI в. во многом сохранят связь с той архитектурно-строительной традицией, которая сложилась в эпоху независимости, т.е. до 1478 г. Вместе с тем, после присоединения Новгорода к Московскому государству в архитектуре становится все более заметной тенденция к усвоению "московских правил", которые то в соединении с древней традицией, то воплощенные в почти чисто столичном варианте, определяют новый облик новгородского каменного строительства. Новизна обнаруживает себя и в кирпичной технике, которое старое новгородское зодчество не знало, и в появлении новых типов храмов, связанных в той или иной степени с соборами Московского Кремля конца XV- начала XVI вв., и в ином нежели раньше декоративном оформлении фасадов. Конечно, новации не приходили сами по себе. Объясняя их появление надо учесть вкусы новгородских заказчиков, часто москвичей по происхождению, привлечение в выполнению строительных работ столичных мастеров, деятельность новгородских владык, особенно архиепископа Макария, известных своей промосковской ориентацией.

Строительные начинания XVI в. впечатляют своей масштабностью. На московский лад изменяется облик многих новгородских монастырей. Начало этим переменам было положено возведением в 1515 г. грандиозного собора в Хутынском монастыре. Небольшой обветшавший храм 1192 г. был заменен величественным пятиглавым собором, зодчий которого несомненно вдохновился образом главного храма Москвы - Успенского собора, построенного Аристотелем Фьораванти в 1475-79 гг. В том же монастыре в 1552 г. была освящена построенная за три года монументальная трапезная с церковь. Варлаама, близкая в стилистическом отношении к соборному храму.

Дошедший до нас ансамбль Клопского монастыря в основном сложился в 60-70-е гг. XVI в. Троицкий собор и трапезная с Никольской церковью чвоими архитектурными особенностями вторят многочисленным более ранним постройкам Новгорода и его окрестностей, в которых отчетливо сказались московские веяния. О возведении Троицкого собора Новгородская третья летопись под 1562 г. сообщает: "... майа в 31 день, в Клопском монастыре старую церковь каменную святыя Троицы разобраша, где положены быша мощи преподобного отца нашего Михаила Клопского Чудотворца, и вновь церковь сотвориша и гроб чудотворцов в той церкви устроиша, повелением благочестиваго государя царя и великого князя Иоанна Васильевича всея Руси, а на строение из своей царской казны подал пятьдесят рублев..." В новгородской второй летописи о том же событии повествуется под 1569 г. Существенно добавление: "зарушиша старую церковь каменную с подцерковьем, где положен чудотворец Михайло Клопский". За год до этого события "в монастырь Живоначальныя Троицы принесли образ новой написан Живоначальная Троица с деяньем, а писал иконник Никифор дьякон Грабленой". Возможно, постройку храма следует связать с посещением монастыря Иваном Грозным в 1568 г.

О постройке трапезной летописных данных не имеется, но она упоминается в писцовых книгах под 1581 г.: "Да тутож в монастыре церковь с трапезою камена Никола Чудотворец". До или после возведения собора построена трапезная - вопрос в полной мере не проясненный. Логично предположить, что обновление монастырских строений началось с собора и продолжилось возведением новой трапезной. Бесстолпный храм и, решенный как одностолпная палата, трапезный зал на едином подклете - характерный образ такого типа сооружения XVI в.

Не менее показателен для 50-60 гг. XVI в. и Троицкий собор. Его четырехстолпный с тремя апсидами основной объем был завершен время главами, являя тем самым краткую редакцию того типа храма, который был представлен еще в начале века Спасо-Преображенским собором Хутынского монастыря. Многоглавие, исчезнувшее из практики новгородского храмового строительства в XII в., возобновляется в XVI в., но уже на общерусской типологической и стилистической основе. В архитектуре Троицкого собора черты традиционного новгородского стиля практически отсутствуют.

Своеобразие объемной композиции здания придает паперть (галерея) во всю ширину западного фасада, по два придела с севера и юга (во имя Иоанна Лествичника, Федора Стратилата, Покрова и Усекновения главы Иоанна Предтечи), пятый придельный храм во имя Михаила Клопского находился в дьяконнике. Асимметрию композиции усиливала нехарактерная для Новгорода шатровая колокольня в юго-западной части здания.

Еще одна черта общерусского храмового строительства этого периода - многопрестольность Троицкого собора. Эта особенность свойственная целому ряду храмов близких по времени Клопскому собору. Это собор Покрова на Рву в Москве, ц. Иоанна Предтечи в Дьякове, Богоявленский собор Авраамиева монастыря в Ростове, Соловецкий Спасо-Преображенский собор и др. Из новгородских храмов ближе всего Троицкому собору в этом отношении ц.Никиты (1555-1557). Вероятно в посвящении приделов следует предполагать особую идейную программу, составленную при участии царя Ивана Грозного. Ведь храм строился его повелением и, по крайней мере, отчасти на его средства. Посвящение приделов Иоанну Лествичнику и Федору Стратилату указывает на стремление автора программы снискать небесное покровительство царским сыновьям - Иоанну и Федору. В остальных посвящениях также обнаруживается характерный для царя Ивана круг молитвенных тем, связанных с обращением к Троице, Богоматери, Иоанну Предтече и местному чудотворцу.

Самые значительные искажения здания связаны с ремонтными работами начала XIX в. Стены собора были надложены, устроено новое покрытие, а западная часть основного объема дополнена двумя декоративными главами. Были разобраны главы и своды приделов, исчезла колокольня, поновлению подверглась настенная живопись конца XVII - нач. XVIII вв. Тогда же были построены настоятельские покои, братские кельи, трехярусная колокольня над восточными воротами и каменная ограда. В 1964-65 гг. под руководством архитектора Л.В.Красноречьева в Троицком соборе были проведены первоочередные консервационные работы.

До сих пор наше внимание было сосредоточено на Троицком соборе XVI в. Его история, хотя и неполно, но все же сравнительно неплохо документирована. Гораздо сложнее обстоит дело с предшественниками здания XVI в. Ведь историю монастыря и его первых построек следует вести с начала XV в. Новгородская летопись под 1412 г. сообщают о постройке деревянной Троицкой церкви на Клопске. Монастырь к этому времени, надо полагать, уже существовал. Деревянный храм просуществовал около 7 лет. В 1419 г. его заменил новый, теперь уже каменный храм, возведенный при игумене Феодосии всего за 60 дней (НПЛ). Образцом, которому следовали строители, письменные источники называют церковь Николы на Лятке. Летопись отмечает важную функциональную черту храма 1419 г. - наличие подцерковья, что возможно связано с ориентацией на указанный образец. Подклет в новгородском храмовом строительстве получает распространение со второй половины XV в. и его столь раннее появление, фиксируемое летописью, как и другие особенности исчезнувшего храма 1419 г. требовали проверки, прежде всего средствами архитектурной археологии.

Раскопки, проведенные в 1988-89 гг., прояснили некоторые вопросы, касающиеся судьбы первого каменного храма. Выяснилось, что при строительстве собора XVI в. кладка первоначальной постройки была почти полностью выбрана вместе с фундаментами. Удалось зафиксировать только два небольших фрагмента кладки начала XV в.

Внутри существующего собора (в восточной части центрального нефа) на глубине 1,15-1,2 м. от современного пола была обнаружена кладка принципиально отличающаяся от кладки XVI в. Фрагмент, расчищенный в центральном нефе, сохранил один ряд стеновой кладки из известняка, лежащий на фундаменте из валунов, сложенных насухо. В фундаменте всего два ряда впущенных в материковую глину валунов, глубина их заложения 60 см. У этой кладки выявлены три лицевые боковые поверхности, лишь с востока кладка срублена при рытье котлована под апсиду XVI в. Есть основания полагать, что открытая кладка является остатком внутренней опоры (столба) храма 1419 г.

В восточной части южного нефа собора XVI в. обнаружена кладка идентичная по материалу и технике описанной выше. От стеновой кладки сохранился лишь один ряд плитняка. Фундамент, врезанный в слой красной материковой глины, сложен из валунов без раствора. На северной боковой грани стеновой кладки сохранилась лицевая обмазка. С востока и юга кладка полностью выбита при закладке храма XVI в., ее продолжение в западном направлении свидетельствует о продольной ориентации и позволяет видеть в ней фрагмент южной стены первоначального храма. Расстояние между кладками (юной стены и столбом) начала XV в. около 4 м., что исключает принадлежность опоры южной паре столбов. С большой долей вероятности первая из описанных кладок принадлежала северо-восточному столбу древнего храма.

Существование подцерковья у Троицкого храма 1419 г. подтверждают следующие наблюдения. Между слоями его строительства и разрушения отсутствуют какие бы то ни было следы полов. Прослеживается только однородная земляная засыпка с редкими мелкими осколками кирпича. Эту засыпку с наибольшей вероятностью можно считать земляным полом подцерковья.

Конечно, материал, полученный в ходе архитектурно-археологического исследования выглядит довольно скромно и не дает достаточных основания для реконструкции плана собора. Но добытые данные являются первым реальным свидетельством о постройке и ее особенностях. Со временем к ним несомненно добавятся и другие.