В 1462 г. из Великого Устюга в Пермь Великую, по Вятке и Каме, вместе с устюжанами, вологжанами и галичанами проникает московская рать. Пермский епископ Иона, прибывший вместе с войском, в этом же 1462 году, по сообщению русских летописей, "добавне крести Великую Пермь, постави им церкви и попы и княжат Михайловы крести", или по другим источникам "Иона епископ Пермский крестити Великую Пермь и князя их и церкви поставил, и игумены и попы" или "Епископ Пермский Иона крести Великую Пермь и князя её Михаила и церкви постави, игумены и попы". Епископ Иона присоединил Пермь Великую к Пермской епархии с кафедрой в Усть-Выме на Вычегде. С этого времени на древней пермской земле начинают строить первые православные храмы. В 1462-63 гг пермской князь Михаил Ермолаевич основал в Чердыни первый на Урале Иоанно-Богословский мужской монастырь, по мнению А.А. Дмитриева ставший родовой усыпальницей Великопермских князей, и пожаловал ему земли, что подтверждено письменными актами. Монахи участвовали наравне с воинами в защите города от врагов, один из иноков монастыря упоминается среди 85 защитников, павших в бою в 1547 г. у д. Кондратьева Слобода. Монастырь длительное время являлся центром книжности и просвещения.

Первоначально монастырь имел одну церковь во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова.

В 1580 году настоятель Варлаам добился заступничества самого Ивана Грозного, по указу которого монастырю были даны особые привелегии.

М.Ф. Кайсаров в своей переписи Перми Великой 1623-24 гг. указал храм "Иоанна Богослова, каменный, верх Шатром". Очевидно, эта каменная церковь была построена в промежуток времени между переписями И.И. Яхонтова в 1579 г. и М.Ф. Кайсарова 1623-24 гг. В описании Чердыни М. Кайсарова впервые упоминаются два монастырских храма — Иоанна Богослова и Вознесения Господня, последний был "на воротах же храм древян Вознесения Христова". Изображения этих церквей мы встречаем на "Плане города Чердыни", составленном подъячим Петром Колотиловым в самом начале 18 века.

В связи с челобитной вкладчика Михаила Дементьева 1630 г. царю Михаилу Федоровичу и патриарху Филарету, Иоанно-Богословский монастырь в 1631 г. был приписан к Троице-Сергиевой Лавре под Москвой.

Проезжавший в 1705 г. через Чердынь Сибирский губернатор Матвей Петрович Гагарин, по какому-то обету, данному им, оказал содействие в перестройке церкви. Но церковь была перестроена уже после его смерти — князь Гагарин к этому времени был повешен по Указу Петра I. Грамота на её перестройку была выдана Вятским и Великопермским архиепископом Дионисием монастырскому игумену Григорию в марте 1717 года. В грамоте предписывалось готовить на строительство церкви "каменье и кирпичь, известь и лес и всякие припасы", требовала чтобы церковь была не шатровой, а с одной, тремя или пятью главами, с круглым и светлым алтарём, и указывала, чтобы она возводилась "по чину правильного и уставного законоположения, как осём правила и устав повелевают". Не пожар, но не соответствие церкви новым церковным каноном явилось основной причиной для её перестройки, что несомненно является свидетельством в пользу её древности. Работами руководил "прикащик" Лев Колотилов, а наблюдал выборный Иван Ветошев. Очевидно, это было связано с тем, что строили церковь приезжие каменщики. Существует запись о выдаче "шведским пленникам двум человекам, которые в Чердыни в Богословском монастыре у строения пятьдесят рублёв". Строители выдержали "правила и устав" — церковь одноглавая, причём колокольня совмещена с храмовой частью. Алтарь на самом деле кругл и "светел" — хорошо освещён оконными проемами. Внешний вид церкви претерпел изменения. Была разобрана крытая каменная галерея с овальной аркой, которая использовалась для крестных ходов вокруг церкви, и перестроена паперть. На иконах сер. 18 века запечатлена церковь Иоанна-Богослова уже в том виде, в каком мы видим её сейчас.

В связи с окончательным упразднением монастыря в 1784 г. церковь Иоанна Богослова была приписана к Богоявленскому приходу.

В июне 1898 года церковь была обследована Н.Н. Новокрещенных. Он оставил следующую запись в дневнике: "Осматривая в Чердыни Богословскую церковь подробно, мы нашли в открытом подвале восточной части церкви склад старых икон. Так называемые месячники, — изображения святых на каждый месяц, старинные иконы, просуществовавшие несколько веков, поставлены в грязь на землю и низ их, стоящий в грязи, уже сгнил. Не в почёте там старина!".

Новая страница истории церкви Иоанна Богослова начинается с учреждения в г. Чердыни в 1911 г. женской иноческой обители. Но на пути ее создания возникло неожиданное препятствие со стороны жителей г. Чердыни — они не хотели иметь в городе монастырь, чтобы не наступило запустение приходских храмов. Но все же это препятствие было преодолено и в 1912 г. обитель преобразуется в женский монастырь. 16 января 1914 г. монастырю было "всемилостивейше даровано наименование Чердынский Иоанно-Богословский женский монастырь, учрежденный в память 300-летия царствования дома Романовых".

Настоятельницей монастыря стала игуменья Руфина (в миру О.А. Кокарева). Сестры монастыря выращивали овощи, ухаживали за скотом, шили на продажу одеяла, полотенца, постельное белье. В феврале 1915 г. при монастыре открылся приют для детей, чьи отцы погибли на фронтах первой мировой войны или продолжали в ней участвовать.

10 ноября 1918 г. монастырь был закрыт по постановлению Исполкома Чердынского Совета рабочих, крестьян и красноармейских депутатов. Летом 1919 г. монахини навсегда покинули г. Чердынь с отступающей армией Колчака.

Церковь Иоанна Богослова в связи с закрытием в 1940 г. передается в ведение Чердынского музея для организации в ней антирелигиозного отдела, который так и не был открыт. На втором этаже музей хранил свой архив. Вокруг церкви был заложен мичуринский питомник. Здесь были посажены кусты смородины, яблони, клубника. Скорее всего, занимался питомником библиотекарь музея, садовод-мичуринец П.Д. Селиванов. Урожай этого питомника передавался местному госпиталю. 2 января 1947 г. церковь Иоанна Богослова возвращается церковной общине. Возможно, первый этаж церкви был передан еще в 1944 г., так как имеются сведения о проводимых здесь службах в этом году.

В настоящее время церковь Иоанна Богослова является единственной действующей церковью в г. Чердыни. Возле нее находится каменный монастырский дом, выстроенный в 1913 г. благотворительницей Е. Н. Черных, а также остатки стен просвирни конца XIX в.

Последняя значительная реконструкция здания церкви проводилась в 1992-1993 гг. Настоятель о. Владимир, с супругой и двумя прихожанами возвели новую главу, не изменив ее формы.

По словам игумена Герасима, настоятеля храма (2003), в настоящее время, по благословению Владыки, при храме воссоздается мужской монастырь. Сейчас готовятся соответствующие документы. Основной проблемой является отсутствие необходимых строений для расширения монастыря (сейчас в монастыре находятся пять насельников). Расширение для монастыря необходимо, поскольку на базе Иоанно-Богословского монастыря идёт целенаправленная работа по созданию центра духовного просвещения населения Чердынского края.

Церковь перестроена на в 1718 г: шатровое покрытие заменено звонницей с главой; прорублены окна алтаря; пристроена двухэтажная паперть вместо деревянной; разобрана крытая сводчатая галерея, проходившая вокруг здания.

Двухэтажная, кирпичная церковь на высоком подклете с основным храмом, односветным в нижнем этаже и двухсветным — в верхнем и с двуярусной колокольней над ним, с апсидой полукруглой формы, трапезной и притвором в каждом этаже. Здание совмещает две церкви — зимнюю и летнюю, расположенные друг над другом. На первом этаже (теплом) размещается главный храмовый престол Иоанна Богослова, на втором (холодном) — во имя Вознесения Господня. Соразмерно по одной оси размещены собственно храм, алтарь, трапезная и двухэтажная паперть обеих церквей. Особенно живописен памятник со стороны реки Колвы. полукруглая апсида и устремлённый вверх объём храма созвучны плавным очертаниям холма. Алтарь без ступенчатого подразделения. В прошлом имелось гульбище на каменной аркаде.

Крайне незамысловата декоративная обработка храма. По углам её объемы снабжены слабо выявленной рустовкой. Крупными пятнами смотрятся на фоне побеленных известью стен храма большие прямоугольные окна. В нижней части четверика они снабжены чуть выступающими наличниками с сильно приподнятыми закруглениями, заменяющими фронтончики, а вверху — обведены чуть выступающими рамками без венчающих полукружий. Наличники оконных проёмов имеют обработку из лекального и фигурного кирпича. Богатством усложнённых барочных завершений с семилучевыми цветками посередине выделяются наличники нижних окон апсиды да тех световых проёмов верхней части четверика, на месте которых в прошлом размещались двери, выводившие на окружающую храм галерею.

Не слишком большой вынос имеют и карнизы постройки. Сделанные напуском кирпичной кладки, они снабжены ещё и частой лентой сухариков, охватывающей её основные объёмы. Над карнизами трапезной и апсиды возвышаются небольшие глухие "аттики", видимо, более позднего происхождения, которые как бы вторят такому же "аттику" четверика, узкое поле которого украшено еле приметными полукружиями, имитирующими закомары.

Интерес вызывает небольшая восьмигранная колокольня, поставленная на сомкнутый свод четверика, именно она выделяет церковь из среды всех памятников архитектуры близ лежащих регионов. Её расположение над кровлей сооружения сближает композицию церкви с московскими многоярусными центрическими храмами конца 17 века. В прошлом между арочными проёмами колокольни, парапетные стенки которых украшены декоративными балясинами, висели специально отлитые для неё колокола. Чуть ли не с любого конца Чердыни видна главка этого храма, гранённый барабан которой встал на свод колокольни.

Фундамент бутовый, ленточный, стены выложены из большемерного кирпича на известковом растворе. Покрытие крыш и главы колокольни железные, перекрытия сводчатые, связи железные, полы деревянные. Стены внутри здания оштукатурены, вся поверхность стен покрыта известковой побелкой.

Возле церкви уютно выглядят старинные надгробия, железная ограда на каменных столбах и высокие трехарочные каменные ворота.

В настоящее время возникли проблемы с тем, что алтарная апсида зависла — поплыл фундамент из-за подвижки грунта.

Немалый интерес представляют и интерьеры. Нижний храм приземист, а верхний, летний, — высокий и двусветный. Цельному восприятию внутренних сводчатых помещений способствуют трехарочные проёмы, сделанные в толще восточной и западной стен куба. Окна в алтарях и трапезных с глубокими распалубками. До наших дней сохранились тябловые иконостасы XVIII в., старые деревянные двери на втором этаже. На иконостасе верхней церкви имеется запись, рассказывающая об истории его создания в 1734 году. Иконы "писали иконописцы Дмитрей и Григорей Фёдоровы дети Поповы жители Нижнего Нова Града служители Синодального Благовещенского монастыря". Второй иконостас высокохудожественного письма 18 века расположен и в зимнем храме. Живопись икон выполнена на тончайшем слое левкаса, нанесённого на бычий пузырь.

Иконостасы были обследованы в июне 1983 года художником-реставратором высшей квалификации по древнерусской живописи Ю.В. Новиковым, который обнаружил шелушения красочного слоя со значительной осыпью красочной поверхности, отставание паволоки и левкаса, значительное потемнение красочного слоя, наличие записей и прописей, поражение шашенем и расхождения досок икон. При этом Юрий Викторович выполнил пробную реставрацию двух икон из чинового и праздничного рядов и отработал методику проведения всего комплекса работ по реставрации иконостаса в целом. Всего в иконостасе насчитывается различных размеров 67 досок.

Среди икон, развешанных на стенах, есть написанные местными живописцами в 19 веке. В верхней трапезной находится икона, посвящённая принятию христианства на пермской земле. На фоне Иоанно-Богословского монастыря и горы Полюд изображён епископ Иона Пермский, который при князе Михаиле в 1462 году крестил жителей Перми Великой. По этому поводу в верхней части иконы составлена большая запись. Икона была переписана в 19 веке со старого образца.

При осмотре храма установлены подписные и датированные иконы, выполненные чердынскими иконописцами Иваном Протопоповым (образ Стефана Пермского, 1794 г.), Афанасием Григорьевичем Головиным (образ Скобско-Печорской Богородицы, 1839 г.) и его сыном Евфимием Афанасьевичем Головиным (образ Параскевы Пятницы, 1855 г.). Реликвией храма является икона Владимирской Богоматери с надписью о вкладе ее в 1698 г. Евдокией Михайловной Дашковой в память о муже Ф.М. Дашкове, служившем воеводой в Чердыни и Соликамске в 1697-1698 гг.

На иконе великомученика Дмитрия Солунского сохранилась надпись: "Сия святая икона писана и освящена на святой горе Афонской в русском общежительном скиту св. Апостола Андрея Первозванного". Икона Николая Чудотворца с житием в 8 клеймах, согласно надписи, была писана "в Усолье по части графов Строгановых дворовым человеком Иваном Ивановичем Цаплиным ноября 20 числа I860 г." Икону преподобной мученицы Евдокии купили "в 1864 г. октябрь 26 Чердынский 2-й гильдии купец Александр Иванович и его жена Евдокия Максимовна Могильниковы". Икона Иверской Божьей Матери написана "с настоящей чудотворной иконы Иверской Божьей Матери".

Среди книг, имеющихся в церкви Иоанна Богослова, заслуживают внимания рукописный Синодик Иоанно-Богословского монастыря первой четверти XVIII в., рукописный певческий сборник 1757 г., печатный Служебник 1804 г. Эти книги наравне с другими яркими произведениями искусства древнейшей Иоанно-Богословской церкви Чердыни — облачением священнослужителей, образцами золотошвейного искусства 17-18 веков, иконами, образцами декоративного шитья, художественного металла, фарфора, резными креслами 18 века впервые представлены в экспозиции музея истории веры. В Чердынском музее хранятся деревянные оконные рамы 17 века со слюдой в железных переплётах, многоцветные печные изразцы.

Первая христианская церковь на Западном Урале, связанная с историей крещения Перми Великой Чердыни в 1462 году. Первое кирпичное здание Урала.

Обследование проводилось 19.01.1944 и 10.09.1948 архитектором Златогорским Львом Николаевичем. Чертежи обмера хранятся в ГАПО.

В 1947 г. произведён архитектурный обмер инжинером Баландиным и архитектором Златогорским. Проект реставрации не выполнялся.

В 1957 г. ПСНРПМ производились ремонтно-реставрационные работы по кровлям, каменным конструкциям, цоколю, фасадам.

Находится на балансе ОЦОП, Используется общиной верущих как культовое здание.

Памятник принят на государственную охрану Постановлением Совета Министров РСФСР от 30 августа 1960 г. №1327.

Памятник включён в Перечень объектов исторического и культурного наследия федерального (общероссийского) значения указом Президента РФ №176 от 20 февраля 1995 г.