История Санкт-Петербургского подворья Коневского Рождество-Богородичного монастыря неотделима от истории главной святыни обители - чудотворной Коневской иконы Божией матери, которую преподобный Арсений Коневский принес со Святой Горы Афон. Много духовных радостей и житейских скорбей перенесли иноки монастыря. В 1617 г.по Столбовскому мирному договору вместе со всем северным и западным Приладожьем Коневец отходит к Швеции, и братия, взяв Коневскую икону, вынуждена была переселиться в Новгородский Деревяницкий монастырь. Только в 1718 г. отвоевавший эти земли император Петр Первого повелел восстановить Коневский монастырь. Однако чудотворная Коневская икона Божией Матери продолжала оставаться в Новгороде.

В 1799 году по благословению митрополита Новгородского и Санкт-Петербургского Гавриила (Петрова) Коневский строитель иеромонах Варфоломей получил дозволение Святейшего Синода возвратить святую икону в монастырь. По пути на Коневец отец Варфоломей на два месяца задержался в Петербурге, пока для иконы изготовлялась позолоченная серебряная риза. И в это время по молитвам перед образом Пресвятой, который за отсутствием подворья приходилось хранить в частных домах, совершилось множество чудесных исцелений, восемь из которых были документально зафиксированы (Историко-статистическое описание Рождественского Коневского монастыря. СПб, 1869г., 71-73; ЦГИА СПб, ф19, оп1, д.11959).

Эти чудесные исцеления от святой иконы вызвали желание петербуржцев вернуть икону в столицу. Братия заказала список (копию) иконы и стала искать место для подворья, где мог бы находиться этот список.

Усердствующие к этому образу в 1811 году обратились с ходатайством об устройстве в столице подворья Коневского монастыря. Первоначально предполагалось устроить его на зимней Конной площади, но расположенная там часовня (между пл. Александра Невского, Лаврским и Чернорецким переулками) была невелика, на площади непрестанно проводились шумные ярмарки, да и власти чинили различные препоны этому начинанию.

Лишь в 1821 году петербургские купцы Николай Козулин и Иван Кувшинников пожертвовали участки своей земли по Загородному пр. (17,5 кв.саж.) для устройства часовни., "удобнее, чем на Зимней Конной торговой площади между тележных лавок" (ЦГИА Спб, ф.921, оп.18., д.1099). Н.Козулин затем пожертвовал еще 7 кв.саж., а И.Кувшинников уступил монастырю 84 и 5/6 кв.саж. за 857 руб. 14 и 2/7 коп. Разрешение на землевладение и на устройство часовни последовало от Императора Александра Первого 5 августа 1821г. по личному ходатайству петербургского генерал-губернатора М.А.Милорадовича, земля была дана "в собственность и вечное владение Коневской обители"( ЦГИА, ф.797, оп.2, д.5129, л.50, Историко-статистическое описание………, с. 75-77). Планы участка и последующих строений на нем, документы о дарении и продаже земли сохранились в архивах Санкт-Петербурга (СПб, ф.513, оп.102; Загородный пр., д.7; ЦГИА, ф.797, оп.2, д.5129).

8 сентября 1821 года строителем Коневского монастыря иеромонахом Илларионом (Кирилловым) была заложена каменная часовня на гранитном фундаменте и кельи.

Подворье пользовалось почитанием в народе, многие петербуржцы предпочитали посещать строгие монашеские службы. Бывал здесь и Ф. М. Достоевский.

Список Коневской иконы Пресвятой Богородицы, находящейся на подворье, прославился многими чудесами, среди которых - спасение Гостиного Двора от пожара в 1862 г. Во время этого страшного пожара, когда 28 мая огонь уничтожил тысячи лавок Апраксина двора и сжег вокруг многие строения, купцы Гостиного двора, опасаясь разорения от огня, умолили духовенство совершить крестный ход с образом Коневской иконы Божией Матери вокруг их торговых рядов. Внезапно в самый разгар пожара ветер переменился и огонь стал стихать. Гостиный двор был спасен. В благодарность и в память о чудесном избавлении гостинодворское купечество добровольно собрало пожертвования на новое каменное здание подворья с флигелем.

Усердием настоятеля монастыря архимандрита Израиля (Андреева), иеромонахов Дионисия и Авраамия, поднялась новая "великолепная, похожая более на храм часовня с кельями". Внутри она была расписана, иконостас был "изящной резьбы". Проект составил много работавший для Коневского монастыря (скит, гостиница, хозяйственные постройки) академик архитектуры Иван Слупский (1826-1891гг.). Дело о строительстве часовни хранится в ЦГИА Санкт-Петербурга (ЦГИА СПб, ф.1883, оп.1, д.250). 15 декабря 1866 г. она была торжественно освящена архимандритом Израилем во имя Коневской иконы Божией Матери.

После Октябрьского переворота, когда Финляндия стала независимой а Коневец оказался на ее территории, подворская церковь становится приходской (с 1919 года).

11 июля 1932 года церковь во имя Коневской иконы Пресвятой Богородицы закрыли и передали под райкоммунотдел. Флигель во дворе был занят жильцами. Здание подворья является памятником архитектуры, однако это не помешало "новым владельцам" обезобразить его до неузнаваемости - был снесен купол, в храмовом здании устроен второй этаж. С 1956 года здесь располагался трест "Фасадремстрой", который, несмотря на формальное возвращение здания монастырю в 1993 году, отказывался покинуть его.

Лишь в конце 1996 года усердными заботами первого управляющего подворьем протоиерея Сергия Белькова храм был передан Коневскому монастырю. 6 января 1997 года здесь было совершено первое богослужение.

27 сентября 1998 года, в праздник Воздвижения, над зданием подворья воздвигнут Крест. На реставрированном фасаде установлена Коневская икона, выполненная из кварцевого песка. Подворье, как и раньше, осуществляет представительство монастыря в Петербурге, обеспечивает его всеми необходимыми материалами и продуктами, переправляет паломников, духовно окормляет прихожан подворского храма.

Богослужения совершаются в устроенной на первом этаже церкви во имя Коневской иконы Божией Матери. В храме находятся список с чудотворного Коневского образа, частицы мощей преподобного Арсения Коневского и равноапостольной Марии Магдалины. При подворье действует иконно-книжная лавка с большим выбором книг и икон, здесь можно подать записки о поминовении родных и близких в монастыре и на подворье.

С сентября по май действует подворская Воскресная школа для детей, а для взрослых проводятся еженедельные беседы. Также проводится катехизация готовящихся к таинству Крещения. Действует приходская библиотека.

На подворье располагается Паломническая служба Коневского Рождество-Богородичного монастыря, которая занимается организацией паломнических поездок паломнических поездок в Коневский монастырь, к православным святыням Приладожья и Финляндии.