Построен в 1913 г. архитектором В.Косяковым по образцу собора Св.Софии в Константинополе. Собор принадлежал Морскому министерству и в нем ежедневно поминались все моряки, отдавшие жизни во славу русского флота. 25 октября 2002 г. на соборе вновь установлен крест.

Храм возвращается Церкви.

Собор построен в 1902-1913 гг. арх. В.Косяковым. Образцом послужил собор Святой Софии в Константинополе. Главный престол освящен во имя Николая Чудотворца, два боковых - во имя первоверховных апостолов Петра и Павла и преподобного Иоанна Рыльского.

Кронштадтский Морской собор был уникальным храмом-памятником, в котором ежедневно поминались все моряки, отдавшие жизни во славу русского флота.

Идея создания Морского собора как храма-памятника принадлежала Главному командиру Кронштадтского порта вице-адмиралу Н.И.Казнакову. Он писал, что "будущий морской храм должен быть не только местом молитвы, но и памятником, ибо Кронштадт есть колыбель русского флота".

17 марта 1897 г. последовало высочайшее разрешение на сбор пожертвований на строительство. 1 сентября 1902 г. на месте будущего храма протоиерей Иоанн Сергиев (будущий святой Иоанн Кронштадтский) в присутствии Главного командира вице-адмирала С.О.Макарова, командования флота и горожан отслужил молебен о начале строительства. 8 мая 1903 г. в присутствии Императора Николая II состоялась торжественная закладки собора. Строительством собора руководил особый Комитет, во главе которого стоял Главный командир Кронштадтского порта. В состав Комитета входили представители командования флотом. Освящение храма состоялось 10 июня 1913 г. в присутствии Государя Императора Николая II, его семьи и всех официальных лиц Империи.

Собор представлял собой величественное сооружение. Центральная часть, площадью 840 кв.м, вмещала до 3 000 человек. В отделке храма использованы элементы флотской символики - купол храма украшает орнамент из спасательных кругов, на входных дверях - изображения якорей и дельфинов, морская тема использована в отделке пола и других частей интерьера.

Роспись на внутренних сводах, на хорах и в алтаре храма исполнена художником М.М.Васильевым. Иконостас в византийском стиле, из белого мрамора с мозаичными вставками - работы скульптора Н.А.Попова.

На первом этаже в галерее храма помещены черные доски с высеченными на них именами погибших моряков со дня основания флота. По поручению Морского Министерства списки были составлены генералом А.С.Кротковым. В список были включены офицеры, убитые в сражениях, умершие от ран и погибшие при исполнении служебных обязанностей. Впервые в списках указывались имена погибших судовых священников.

Наряду с мемориальными досками, хранившими имена погибших героев, храм должен был стать хранилищем реликвий, связанных с историей флота. Для их хранения в галереях второго этажа были отведены обширные помещения, которые предполагалось превратить в военно-морской музей. Здесь хранились реликвии кораблей, экипажей и флотских подразделений.

Собор был закрыт 14 октября 1929 г. В 1930-е гг. здание занял Дом офицеров. Тогда же со стен храма были сняты 150 мраморных мемориальных досок. Список погибших моряков был утрачен.

В 1953-1954 гг. в здании проведены работы по реконструкции и приспособлению здания для зрительного зала гарнизонного военно-морского клуба, сделан подвесной потолок и другие изменения, исказившие интерьеры собора. На хорах и галереях второго этажа разместилась экспозиция филиала Центрального Военно-морского музея "Кронштадтская крепость".

В 90-ые годы начался процесс подготовки к возвращению собору былого статуса главного морского собора России. В 1998 г. сотрудником Общества "Радонеж" Е.В.Исаковой была завершена работа по восстановлению текстов и внешнего вида мемориальных досок.

25 октября 2002 г. на собор был установлен крест. В ближайшее время здание собора будет полностью передано Санкт-Петербургской митрополии Русской Православной Церкви.