Построена в 1907 г. по проекту А.Ф.Барановского при участии епархиального архитектора Н. П. Никонова. Настоятелем храма уже более 20 лет является старейший клирик Санкт-Петербургской митрополии РПЦ протоиерей Василий Ермаков.

Протоиерей Василий Тимофеевич Ермаков, кандидат богословия, настоятель Храма Преподобного Серафима Саровского в Санкт-Петербурге, духовный сын о. Иоанна Крестьянкина. Отец Василий - один из самых известных и популярных в Санкт-Петербурге священнослужителей. К нему приезжают паломники со всей России, приходят за советом ведущие политики и бизнесмены. Со Святейшим Патриархом Всея Руси Алексием II он знаком вот уже 60 лет, поддерживают дружеские отношения. С недавнего времени об о. Василии говорят как о старце, правда, сам он категорически против таких определений-ярлыков, говоря: "Я старец по годам, а не по званию". На службе к нему просто не прорваться: народ буквально берёт его в кольцо - просит благословения, доброго слова, а то и совета.

В 1903 г. по ходатайству причта Благовещенской церкви в Старой Деревне Санкт-Петербургской епархией были приобретены земли севернее полотна Приморской железной дороги для организации на них нового городского кладбища. Было принято решение о строительстве храма на территории нового кладбища. Митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Антоний дал разрешение на постройку храма, который был освящен во имя преподобного Серафима Саровского; по названию храма и само кладбище получило название Серафимовского.

Деревянная церковь была построена по проекту Александра Федоровича Барановского при участии епархиального архитектора Н. П. Никонова. Закладка храма была произведена 25 июля 1906 г., а к концу октября здание было уже построено; 1 марта 1907 года оно было освящено протоиереем Н. А. Травинским во имя преподобного Серафима Саровского.

Преподобный Серафим, в миру - Прохор Мошнин, происходил из семьи курских купцов; в 19-летнем возрасте в ноябре 1778 г. он стал послушником, а позже - иеромонахом Саровской пустыни под Тамбовом. В 1794 г. Серафим удалился на жительство в келью в лесу в пяти верстах от монастыря и жил там до своей смерти 1 января 1833 г. Еще при жизни он прославился многими чудесами. Архиепископ Черниговский Филарет говорил, что преподобный Серафим был "самым великим подвижником благочестия последних времен", В 1903 г. преподобный Серафим был канонизирован Русской Православной Церковью.

Одновременно с главным престолом храма, освященным во имя преподобного Серафима, были освящены и два придела: левый - во имя Покрова Пресвятой Богородицы, правый - во имя мученицы Александры. Дубовый иконостас был сооружен на стредства купеца А.А.Николаева, а иконы для иконостаса пожертвол М.Н.Колчин. Художник Аннушкин написал икону "Явление Иисуса Христа иеромонаху Серафиму". Этот образ был пожертвован церкви купцом Ф.М.Минаевым. А.Д.Смирнов принес в дар церкви паникадило, бронзовую дарохранительницу и богослужебные сосуды, А.В.Балявин - три дубовых престола, А.И.Секунов - большое Евангелие в серебряном вызолоченном окладе с рельефными изображениями Воскресения Христова, Евангелистов и Рождества Христова, А.Д.Шершова - напрестольный крест и малое Евангелие.

Близ правого клироса главного придела была помещена главная святыня храма - образ преподобного Серафима Саровского с частицами его мощей, мантии и гроба, а также камня, на котором он молился тысячу дней и ночей. За клиросами главного придела были размещены образа Казанской Божией Матери и Святителя Николая Чудотворца, пожертвованные в храм супругами Ивановыми. В правой части придела была помещена икона преподобного Серафима, написанная, возможно, еще при его жизни и находившаяся позже у ученика преподобного Серафима Иоасафа, позднее игумена Павло-Обнорского монастыря Вологодской губернии.

В годы первой мировой войны на Серафимовском кладбище хоронили солдат и офицеров, погибших на фронте и умерших в госпиталях Петрограда. Левее Царских врат главного алтаря на специальном столбе и ныне висит мемориальная латунная доска с образом Святителя Николая Чудотворца в память 136 солдат и офицеров 36-го Орловского пехотного полка, погибших в октябре 1914 г. в боях на реке Сан, с надписью: "Нет выше той любви, когда кто положит душу свою за друзей своих. Вечная память".

В послереволюционные годы Серафимовская церковь оставалась действующей. До 15 декабря 1923 г. была приписана к храму Благовещения, а затем стала самостоятельной. Она являлась одной из немногих в Ленинграде церквей, которые были открыты и в годы блокады. Храм закрывался лишь однажды - с 22 января по апрель 1942 г., в нем складывали трупы умерших от голода жителей города. В период блокады на Серафимовском кладбище было погребено около 100 тысяч погибших горожан.

С 15 декабря 1923 г. до 2 октября 1937 г. Серафимовская церковь принадлежала группе "Живая церковь", затем до закрытия в январе 1942 г. была обновленческой, а 28 апреля 1942 г. открылась уже принадлежащей к Московской Патриархии.

В послевоенные годы в храм были переданы образа из закрытой Благовещенской церкви, в том числе особо чтимая прихожанами Смоленская икона Божией Матери, привезенная в Петербург при императоре Петре I смоленскими работными людьми, строившими новую столицу. В 1987 г. над входом в Серафимовскую церковь были помещены три мозаичных образа преподобного Серафима Саровского.

В настоящее время церковь преподобного Серафима Саровского является одним из самых любимых и посещаемых верующими Петербурга храмов. Все, кто побывал в этой церкви хотя бы один раз, отмечают удивительный молитвенный дух, который является результатом усердных молитв к Богу нескольких поколений прихожан, которые даже в самые трудные для Православной Церкви времена не предали ее и сохранили веру православную. Крепкий и дружный приход, который в настоящее время возглавляет отец Василий Ермаков, несмотря на очень малые размеры храма, насчитывает несколько сот человек.