Чудесное спасение Императора Александра III с семьей 17 октября 1888 года при крушении поезда в Борках под Харьковом вызвало в стране строительство множества храмов, посвященных этому событию. Решили отметить это чудо и таможенники, биржевые артельщики и портовые чиновники, населявшие Гутуев остров и устье Невы, куда после открытия Морского канала перенесли торговый порт.

Вначале была задумана каменная часовня, но, поскольку приходская церковь стояла далеко, целесообразнее показалось выстроить большой деревянный храм. Гражд. инж. С. И. Андреев уже составил его проект, когда местный фабрикант И. А. Воронин пожертвовал крупную сумму на каменную постройку, оговорив размещение в ней семейной усыпальницы.

Новый проект храма на 1400 человек с большим куполом создали гражд. инж. В. А. Косяков и инж. Б. К. Правдзик, которые приняли за образец церковь, возводившуюся в Борках. Однако в это время, 29 апреля 1891, Цесаревич Николай Александрович счастливо спасся при покушении на него японца-фанатика в городе Отсу, и храм посему был заложен в годовщину памяти об этом событии. В 1897 он был вчерне готов. 29.IV.1899 митрополит Антоний вместе с о. Иоанном Кронштадтским освятил главный придел, а 18 июля того же года был освящен придел прп. Иоанна Постника в честь жертвователя, обещавшего также построить богадельню и приют.

Кирпичный, в московском стиле XVII века храм с шатровой колокольней над входом выглядит снаружи несколько громоздким и дробным, зато внутри он был очень просторен и нарядно украшен. Фаянсовый, "под слоновую кость", иконостас сделала известная московская фирма М.А. Кузнецова, получив за него медаль на Парижской выставке. Его цвет красиво контрастировал с золоченой бронзой царских врат. Образа написал А, М. Постников, настенные картины со сценами жизни Спасителя - А. С. Славцов, орнаменты - Н. М. Будаков. Резьба исполнялась в мастерской П. С. Абросимова, наружные мозаики - в мастерской Фролова. В 1910 на средства прихожан освящена Голгофа, а в 1913 алтарь и жертвенник были украшены мрамором и иконами Славцова.

Настоятелем церкви долго был прот. П. А. Лебединский, автор известного "Школьного гимна" на музыку М. А. Балакирева. Незадолго до революции его сменил о. Георгий Иоаннович Эльтеков.

День 29 апреля ежегодно отмечался в церкви торжественным богослужением, а с 1912 - крестным ходом по приходу.

Закрыта 5.V.1935 (решение Ленобл-исполкома от 10-Х.1934) и отдана под склад. В 1991 храм возвращен верующим, и в Богоявленье 1992 года в нем состоялось первое богослужение.